<div dir="ltr"><div>Hi, Robert, <br></div><div><br></div><div>Thanks for your help. <br></div><div><br></div><div>One more question. What is the real difference between calibration and alignment? Do they have specific meaning? <br></div><div><br></div><div>Thanks, <br></div><div><br></div><div>Haifeng <br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Jul 22, 2018 at 5:45 PM, Robert Gordon <span dir="ltr"><<a href="mailto:ragordon@alumni.sfu.ca" target="_blank">ragordon@alumni.sfu.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Haifeng,<br>
    <br>
    Here's my take on what you described:<br>
    <br>
    Two sample to be studied at the same edge using the same reference.
    Three scans on A and three on<br>
    B are done with simultaneous reference.<br>
    <br>
    First: compare the three reference scans for A. If they agree, then
    compare the data scans. If they also look<br>
    similar (i.e. no evidence of changing in the beam), you can merge
    the three data scans <br>
    on A right away. If the references don't agree, then you determine
    by how much they differ (how much a correction<br>
    would be needed to bring them into alignment) and apply that same
    correction to the data before merging.<br>
    It is not meaningful to merge data that is not aligned. (If the
    sample scans show changes from scans 1  to 3,<br>
    then you need to rethink how to do the measurements)<br>
    <br>
    Repeat for B. <br>
    <br>
    Now compare the merged (corrected beforehand if necessary)
    references for A and B. If they agree,<br>
    you can compare data for A and B (merged) directly. If they do not,
    determine how much one reference<br>
    differs from the other and apply that same correction to, say, B,
    that brings its reference into alignment with <br>
    A's reference, and then compare A and B<br>
    <br>
    You align the references between samples to the same value in order
    to do a meaningful comparison<br>
    between them. If you report energy positions of features in your
    near-edge spectra, the reader<br>
    would need to know to what energy those positions are referenced.<br>
    <br>
    When possible, I recommend references that have tabulated edge
    values (i.e. metal foils). A reference<br>
    need not be the same edge as the one being studied. For arsenic, as
    an example, the gold L3-edge is <br>
    quite close to the As K-edge and serves as a good reference. If not
    possible to use a metal foil, use a<br>
    reference that another interested researcher could readily obtain or
    has used. This allows for <br>
    comparison of reproducibility. If your reference looks nothing like
    literature, you may have a problem<br>
    with the beamline or in how you processed the data. This should be
    one of the first things you<br>
    check when you start taking data at the beamlne.<br>
    <br>
    You should also note how the beamline was calibrated when you did
    the measurements.<br>
    <br>
    regards,<br>
    Robert<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div class="m_5169180293350795761moz-cite-prefix">On 2018-07-22 1:21 PM, Haifeng Li
      wrote:<br>
    </div>
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      
      <div dir="ltr">
        <div>Dear ALL, <br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I am a beginner in Athena. Recently I got the spectra and I
          am confusing about the data calibration and alignment. The
          manual shows that calibrate the reference data of one scan and
          align other reference data to that calibrated one. <br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Here I want to show examples. I have two samples A and B,
          Each sample has three scans with the corresponding reference
          data. For sample A, 1st scan is calibrated and the other two
          scans are aligned to 1st scan. Then merge them into merged A.
          The same procedures for sample B and get merged B. If I want
          to compare XANES of sample A and B, do I need to align the
          merged reference data between A and B? If so, why? My
          understanding is that all scans (original data and merged
          data) in sample A and B are calibrated to standard edge
          energy. Why do they need to align?</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I appreciate your help. <br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks, <br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Haifeng <br>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="m_5169180293350795761mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      </div></div><span class=""><pre>______________________________<wbr>_________________
Ifeffit mailing list
<a class="m_5169180293350795761moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov" target="_blank">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov</a>
<a class="m_5169180293350795761moz-txt-link-freetext" href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov/mailman/listinfo/ifeffit</a>
Unsubscribe: <a class="m_5169180293350795761moz-txt-link-freetext" href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/options/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov/mailman/options/ifeffit</a>
</pre>
    </span></blockquote>
    <br>
  </div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Ifeffit mailing list<br>
<a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov</a><br>
<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" rel="noreferrer" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
Unsubscribe: <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/options/ifeffit" rel="noreferrer" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov/mailman/options/ifeffit</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>