<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    HI Haifeng,<br>
    <br>
    Suppose you measure Fe foil three times, and all three scans
    overlap. They are aligned.<br>
    But suppose the edge positions are at 7116 eV instead of 7112 eV.
    The calibration is off.<br>
    You can adjust to it, but, as Carlo mentioned, it is really an angle
    correction, not simply a<br>
    shift in energy. It is better to have an accurate calibration to
    begin with, then aligned and<br>
    calibrated would be the same.<br>
    <br>
    Note: Choice of target calibration can differ - some use the X-ray
    data booklet values<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://xdb.lbl.gov/">http://xdb.lbl.gov/</a><br>
    and some use the Kraft¬† et al. values<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://aip.scitation.org/doi/abs/10.1063/1.1146657">https://aip.scitation.org/doi/abs/10.1063/1.1146657</a><br>
    <br>
    Just state which calibration you are using when
    presenting/publishing.<br>
    <br>
    -R.<br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 2018-07-27 10:32 AM, Haifeng Li
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAGLYwKPG+GXJNuSkDjoQSoMD_g+o9MmoHkkNy5r9mkaAJ5L+qw@mail.gmail.com">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">
      <div dir="ltr">
        <div>Hi, Robert, <br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks for your help. <br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>One more question. What is the real difference between
          calibration and alignment? Do they have specific meaning? <br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks, <br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Haifeng <br>
        </div>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br>
        <div class="gmail_quote">On Sun, Jul 22, 2018 at 5:45 PM, Robert
          Gordon <span dir="ltr"><<a
              href="mailto:ragordon@alumni.sfu.ca" target="_blank"
              moz-do-not-send="true">ragordon@alumni.sfu.ca</a>></span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
            .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF"> Hi Haifeng,<br>
              <br>
              Here's my take on what you described:<br>
              <br>
              Two sample to be studied at the same edge using the same
              reference. Three scans on A and three on<br>
              B are done with simultaneous reference.<br>
              <br>
              First: compare the three reference scans for A. If they
              agree, then compare the data scans. If they also look<br>
              similar (i.e. no evidence of changing in the beam), you
              can merge the three data scans <br>
              on A right away. If the references don't agree, then you
              determine by how much they differ (how much a correction<br>
              would be needed to bring them into alignment) and apply
              that same correction to the data before merging.<br>
              It is not meaningful to merge data that is not aligned.
              (If the sample scans show changes from scans 1¬† to 3,<br>
              then you need to rethink how to do the measurements)<br>
              <br>
              Repeat for B. <br>
              <br>
              Now compare the merged (corrected beforehand if necessary)
              references for A and B. If they agree,<br>
              you can compare data for A and B (merged) directly. If
              they do not, determine how much one reference<br>
              differs from the other and apply that same correction to,
              say, B, that brings its reference into alignment with <br>
              A's reference, and then compare A and B<br>
              <br>
              You align the references between samples to the same value
              in order to do a meaningful comparison<br>
              between them. If you report energy positions of features
              in your near-edge spectra, the reader<br>
              would need to know to what energy those positions are
              referenced.<br>
              <br>
              When possible, I recommend references that have tabulated
              edge values (i.e. metal foils). A reference<br>
              need not be the same edge as the one being studied. For
              arsenic, as an example, the gold L3-edge is <br>
              quite close to the As K-edge and serves as a good
              reference. If not possible to use a metal foil, use a<br>
              reference that another interested researcher could readily
              obtain or has used. This allows for <br>
              comparison of reproducibility. If your reference looks
              nothing like literature, you may have a problem<br>
              with the beamline or in how you processed the data. This
              should be one of the first things you<br>
              check when you start taking data at the beamlne.<br>
              <br>
              You should also note how the beamline was calibrated when
              you did the measurements.<br>
              <br>
              regards,<br>
              Robert
              <div>
                <div class="h5"><br>
                  <br>
                  <div class="m_5169180293350795761moz-cite-prefix">On
                    2018-07-22 1:21 PM, Haifeng Li wrote:<br>
                  </div>
                </div>
              </div>
              <blockquote type="cite">
                <div>
                  <div class="h5">
                    <div dir="ltr">
                      <div>Dear ALL, <br>
                      </div>
                      <div><br>
                      </div>
                      <div>I am a beginner in Athena. Recently I got the
                        spectra and I am confusing about the data
                        calibration and alignment. The manual shows that
                        calibrate the reference data of one scan and
                        align other reference data to that calibrated
                        one. <br>
                      </div>
                      <div><br>
                      </div>
                      <div>Here I want to show examples. I have two
                        samples A and B, Each sample has three scans
                        with the corresponding reference data. For
                        sample A, 1st scan is calibrated and the other
                        two scans are aligned to 1st scan. Then merge
                        them into merged A. The same procedures for
                        sample B and get merged B. If I want to compare
                        XANES of sample A and B, do I need to align the
                        merged reference data between A and B? If so,
                        why? My understanding is that all scans
                        (original data and merged data) in sample A and
                        B are calibrated to standard edge energy. Why do
                        they need to align?</div>
                      <div><br>
                      </div>
                      <div>I appreciate your help. <br>
                      </div>
                      <div><br>
                      </div>
                      <div>Thanks, <br>
                      </div>
                      <div><br>
                      </div>
                      <div>Haifeng <br>
                      </div>
                    </div>
                    <br>
                    <fieldset
                      class="m_5169180293350795761mimeAttachmentHeader"></fieldset>
                    <br>
                  </div>
                </div>
                <span class="">
                  <pre>______________________________<wbr>_________________
Ifeffit mailing list
<a class="m_5169180293350795761moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov" target="_blank" moz-do-not-send="true">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov</a>
<a class="m_5169180293350795761moz-txt-link-freetext" href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank" moz-do-not-send="true">http://millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov/mailman/listinfo/ifeffit</a>
Unsubscribe: <a class="m_5169180293350795761moz-txt-link-freetext" href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/options/ifeffit" target="_blank" moz-do-not-send="true">http://millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov/mailman/options/ifeffit</a>
</pre>
                </span></blockquote>
              <br>
            </div>
            <br>
            ______________________________<wbr>_________________<br>
            Ifeffit mailing list<br>
            <a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov"
              moz-do-not-send="true">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov</a><br>
            <a
              href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit"
              rel="noreferrer" target="_blank" moz-do-not-send="true">http://millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
            Unsubscribe: <a
              href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/options/ifeffit"
              rel="noreferrer" target="_blank" moz-do-not-send="true">http://millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov/mailman/options/ifeffit</a><br>
            <br>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Ifeffit mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/options/ifeffit">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/options/ifeffit</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>