<div dir="ltr"><div><div>Hi Tim,<br><br></div>Hm, that's all weird.  I still cannot reproduce this.  Reading Kathy's original file, I see 275 data points in Athena.  Reading the Larch-generated project file in Athena, I also see 275 points...  That's running both Athena+Ifeffit on Windows or running Athena+Larch on MacOS.<br><br></div>One thing that might be worth looking into is whether the data being in keV rather than eV might make a difference.  That's sort of grasping at straws, but I'm not sure what else to try.<br><div><br><br> <br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 27, 2018 at 10:22 AM, Prüßmann, Tim (IKFT) <span dir="ltr"><<a href="mailto:tim.pruessmann@kit.edu" target="_blank">tim.pruessmann@kit.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div link="blue" vlink="purple" lang="DE">
<div class="m_7678689629440111017WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Hi Matt,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">the rebin screen was just to show the number of data points.
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">We used column 1 as energy and column 9 as numerator; data type ‘xanes’; no preprocessing.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Overall we used identical parameters in 0.9.25 and 0.9.26<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">The “plan” is to do the standard calibration and normalization steps, but we lose data points by just importing the data. In the example Kathy
 sent, we go from 275 “real” points to 109 imported points.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">This effect appears with all Spec files we have tested (measured at different times and to different beamlines -> different number of columns).<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Importing data from FEFF and FDMNES works, we get the same number of points as in the ascii file.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">I also tried the XAS Viewer in Larch (0.9.37), which read all points of the Spec file. I exported the data as Athena project and .csv<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Importing the project file into Athena works and the “about current group” function shows 275 points. However, nothing can be plotted, the plot
 window stays on the overview from the import screen.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">The csv file contains all 275 points, but importing to Athena again reduces it to 109 points.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US">Tim<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d" lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"" lang="EN-US">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"" lang="EN-US"> Ifeffit [mailto:<a href="mailto:ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov" target="_blank">ifeffit-bounces@<wbr>millenia.cars.aps.anl.gov</a>]
</span><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">On Behalf Of
</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">Matt Newville<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, March 27, 2018 2:12 AM<br>
<b>To:</b> XAFS Analysis using Ifeffit<br>
<b>Subject:</b> Re: [Ifeffit] Athena (Demeter 0.9.26) does not import all datapoints from ascci file<u></u><u></u></span></p><div><div class="h5">
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Tim, Kathy,<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I did not respond to Kathy's earlier email, and I apologize for letting it falling off my radar screen.   <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">FWIW, I do not see the same problem. I can read the file (with the Spec plugin enabled) and plot the data.  There are 275 data points.   Reading multi-column files from can be tricky (should we know which columns you chose or what processing
 steps you took).   And spec files can cause no end of trouble.  But from the screenshots aattached, it looks like maybe Time meant to rebin the data.  Is that related to what Kathy was trying to do?<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Perhaps you could explain what steps you took in reading the data file and more clearly explain the problem?  Like, did you intend to re-bin the data?<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">For sure, the plot labeled as coming from PyMCA looks strange to me --- the derivative of the data has clearly been smoothed from the raw data in the file.  I don't know what to make of that.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hope that helps,<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">--Matt<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Ifeffit mailing list<br>
<a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov</a><br>
<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" rel="noreferrer" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
Unsubscribe: <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/options/ifeffit" rel="noreferrer" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.<wbr>gov/mailman/options/ifeffit</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">--Matt <br></div>
</div></div>