<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Exchange Server">
<!-- converted from text --><style><!-- .EmailQuote { margin-left: 1pt; padding-left: 4pt; border-left: #800000 2px solid; } --></style>
</head>
<body>
<meta content="text/html; charset=UTF-8">
<style type="text/css" style="">
<!--
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
-->
</style>
<div dir="ltr">
<div id="x_divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p><img class="x_EmojiInsert" id="OWAEmoji130858" alt="��" style="vertical-align:bottom" src="data:image/png;base64,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">
 I'm just agreeing with Matt's comment.</p>
<p><br>
</p>
<p>Too fine a spacing does not help you due to typical broadening from imfp or thermal sources [or structural disorder].
<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>And the difference between operation of ifeffit and larch in this context is pretty interesting.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<div id="x_Signature">
<div id="x_divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div>
<div>
<div>--------------------------------------------------------------------------------------</div>
<div>Christopher Chantler, Professor, FAIP, Fellow American Physical Society</div>
<div>Editor-in-Chief, Radiation Physics and Chemistry</div>
<div>Chair, International IUCr Commission on XAFS</div>
<div>President, International Radiation Physics Society</div>
<div>School of Physics, University of Melbourne</div>
<div>Parkville Victoria 3010 Australia</div>
<div>+61-3-83445437 FAX +61-3-93474783</div>
<div><a href="https://owa.unimelb.edu.au/owa/redir.aspx?C=c7BoS0kVVkC1_S95-9x9l5cBu6YTjdAITgSrfUpfDAUV5oUH1LFYBcz08w8xvHMJoosZRdagfQM.&URL=mailto%3achantler%40unimelb.edu.au" target="_blank" id="LPNoLP">chantler@unimelb.edu.au</a>
<a href="https://owa.unimelb.edu.au/owa/redir.aspx?C=c7BoS0kVVkC1_S95-9x9l5cBu6YTjdAITgSrfUpfDAUV5oUH1LFYBcz08w8xvHMJoosZRdagfQM.&URL=mailto%3achantler%40me.com" target="_blank" id="LPNoLP">
chantler@me.com</a></div>
<div><a href="https://owa.unimelb.edu.au/owa/redir.aspx?C=c7BoS0kVVkC1_S95-9x9l5cBu6YTjdAITgSrfUpfDAUV5oUH1LFYBcz08w8xvHMJoosZRdagfQM.&URL=http%3a%2f%2foptics.ph.unimelb.edu.au%2f%7echantler%2fxrayopt%2fxrayopt.html" target="_blank" id="LPNoLP">http://optics.ph.unimelb.edu.au/~chantler/xrayopt/xrayopt.html</a></div>
<div><a href="https://owa.unimelb.edu.au/owa/redir.aspx?C=c7BoS0kVVkC1_S95-9x9l5cBu6YTjdAITgSrfUpfDAUV5oUH1LFYBcz08w8xvHMJoosZRdagfQM.&URL=http%3a%2f%2foptics.ph.unimelb.edu.au%2f%7echantler%2fhome.html" target="_blank" id="LPNoLP">http://optics.ph.unimelb.edu.au/~chantler/home.html</a></div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Ifeffit <ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov> on behalf of ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov <ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov><br>
<b>Sent:</b> Friday, 21 April 2017 11:01:11 PM<br>
<b>To:</b> ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov<br>
<b>Subject:</b> Ifeffit Digest, Vol 170, Issue 21</font>
<div> </div>
</div>
</div>
<font size="2"><span style="font-size:10pt;">
<div class="PlainText">Send Ifeffit mailing list submissions to<br>
        ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov<br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit">
https://protect-au.mimecast.com/s/krZOBlimO6EJCD?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov<br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov<br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of Ifeffit digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: Ifeffit Digest, Vol 170, Issue 19 (Matt Newville)<br>
   2. Fwd:  Ifeffit Digest, Vol 170, Issue 19 (Matt Newville)<br>
   3. Looking for EXAFS data of Ni2+ ion in aqueous solution (Van Vu)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Thu, 20 Apr 2017 21:18:39 -0500<br>
From: Matt Newville <newville@cars.uchicago.edu><br>
To: XAFS Analysis using Ifeffit <ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov><br>
Subject: Re: [Ifeffit] Ifeffit Digest, Vol 170, Issue 19<br>
Message-ID:<br>
        <CA+7ESbpEWenMLpspnYAXT4j2T1LkjAaYua59XcGebLpteKTyWg@mail.gmail.com><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi Chris,<br>
<br>
On Thu, Apr 20, 2017 at 5:02 PM, Christopher Thomas Chantler <<br>
chantler@unimelb.edu.au> wrote:<br>
<br>
> Note that in general any and every smoothing operation reduces the<br>
> information content of the data and its ability to reveal structure.<br>
><br>
<br>
Well, maybe.  If one has mu(E) measured every 0.01 eV over an 600 eV EXAFS<br>
scan to k=12A^-1, one does not really 60,000 independent measures of the<br>
structure.  Yuji's data wasn't that absurd, but it did have close to 4000<br>
measurements for the full EXAFS spectrum out to k=18^-1.  And to be clear,<br>
there is not anything wrong with that, it's just a matter of how you decide<br>
to treat it.<br>
<br>
As the plots attached in Yuji's original message and my replies show, the<br>
resulting chi(k) definitely has is amplitude suppressed when doing a simple<br>
boxcar average of data onto the 0.05 Ang^-1 grid (Athena with Ifeffit).<br>
But when using cubic spline interpolation (Larch), the amplitude of the<br>
EXAFS oscillations are not noticeably suppressed, though the high frequency<br>
noise is also much higher.  Applying a Savitzky-Golay filter prior to the<br>
cubic spline interpolation did not appreciably suppress the EXAFS<br>
oscillations though the high frequency noise was reduced.<br>
<br>
Very finely-spaced energy data might reveal is at much higher R than we can<br>
hope to model with EXAFS.  A k-grid of 0.05 Ang^-1 can give frequencies to<br>
31Ang, and so is probably accurate to 16Ang without significant signal<br>
loss.   That is, out to k=18Ang^-1, you really only need 360 samples, but<br>
you'd like these as noise-free as possible.  Having 3600 measurements on a<br>
grid of 0.005 Ang^-1  might give you data out to 160Ang in principle, but<br>
the photo-electron tends to not cooperate.<br>
<br>
--Matt<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20170420/f835d4df/attachment-0001.html">https://protect-au.mimecast.com/s/pLGZBoiY2NEkCW?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Thu, 20 Apr 2017 22:33:14 -0500<br>
From: Matt Newville <newville@cars.uchicago.edu><br>
To: XAFS Analysis using Ifeffit <ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov><br>
Subject: [Ifeffit] Fwd:  Ifeffit Digest, Vol 170, Issue 19<br>
Message-ID:<br>
        <CA+7ESbopsw1P-9hZyyQ+yobHCcH++COHOCyg2z-GExADn3L7EA@mail.gmail.com><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi Matthew,<br>
<br>
<br>
On Thu, Apr 20, 2017 at 5:34 PM, Matthew Marcus <mamarcus@lbl.gov> wrote:<br>
<br>
> Does Athena use a histogramming method for Fourier filtering?<br>
<br>
<br>
The autobk() in Ifeffit does.  That is, the background mu0(E) and chi(E)<br>
are found at all input energy points.  This is converted to chi(k) at k for<br>
all energy points, and then a boxcar average is applied to give chi(k) on<br>
the standard 0.05 k-grid.  As shown earlier, this diminishes the noise and<br>
also the amplitude of chi(k), especially at higher frequencies.<br>
<br>
In Larch, the cubic spline for the background mu0(E)  is found at all input<br>
energy points, but then evaluated at the values on the uniform k-grid.<br>
.<br>
<br>
> That's what I use.  The idea is that to grid the data we don't interpolate<br>
> but take averages over the data appearing within the bin,<br>
<br>
<br>
 OK, but that boxcar average will blur the data.    I definitely see this<br>
with QXAFS (well "continuous") where I can scan continuously but bin the<br>
measurements into 0.05Ang-1 bins -- that *does* reduce the amplitude<br>
compared to binning into 0.02 Ang^-1 bins and compared to step scans, where<br>
one measures at fixed energies, not slewing over an energy range.<br>
<br>
The data from SPRing8 was much finer spaced than EXAFS needs -- and boxcar<br>
averaging to 0.05 Ang^-1 does blur the data.<br>
<br>
<br>
> with interpolation only when there aren't any points within a bin. For<br>
> those, you have to bridge across a gap.  This is the best idea I've come up<br>
> with for using data which may be tabulated more finely than the k-grid of<br>
> the Fourier filtering process (typically dk=0.05A^-1).<br>
><br>
<br>
Putting the spline through all the energy points does use all the data to<br>
predict the value on the 0.05 Ang^-1 grid, and avoids blurring the data.<br>
Yes, the result can be noisier, but it does not suppress the oscillations.<br>
<br>
<br>
> Something I've used in a XANES context but never tried for EXAFS is a<br>
> convolution with a kernel whose width depends on energy, such that it<br>
> matches the sharpest credible feature.  See Manceau, A., Marcus, M. A.,<br>
> Lenoir, T. (2014) Estimating the number of pure chemical components in a<br>
> mixture by X-ray absorption spectroscopy. J. Synchrotron Radiat.<br>
> 21,1140-1147,<br>
> specifically the SI.<br>
<br>
<br>
I've read that paper, but I don't think I looked at the SI.  Will do.<br>
<br>
<br>
> The notion is that no real feature can be narrower than the combination of<br>
> the core-hole lifetime and instrumental broadening or the EXAFS wiggle<br>
> corresponding to the maximum reasonable path length.  This is done<br>
> by transforming the data from E-space to a space in which a constant step<br>
> in the abscissa corresponds to this energy-dependent minimum credible<br>
> feature width.  Of course, in EXAFS this is mostly a constant width in k,<br>
> so some kind of smoothing would work if it's a constant kernel in k.<br>
<br>
<br>
 That's sort of what a Fourier filter does, for example zero all the data<br>
above R>10 and transform back to k.<br>
<br>
S-G smoothing assumes uniform tabulation so unless your data were taken on<br>
> a uniform k-grid, it doesn't really do the right thing.<br>
><br>
<br>
The S-G smoothing does appear to help even if the data are not strictly<br>
uniform (see example posted earlier where the data was very finely spaced<br>
in energy, but not uniformly).    I did forget about the uniformity<br>
requirement, but I think that for the purposes here (smooth very fine<br>
slightly noisy data before fitting the cubic spline) it's probably not a<br>
disaster.<br>
<br>
I would agree that this filter is designed to reduce high-frequency noise<br>
is largely cosmetic, and is not really going to help reduce the noise in<br>
the frequency range of the data we actually care about.  In fact, for me<br>
the main point would be that the S-G filter does *not* greatly alter the<br>
frequencies we care about, whereas boxcar averaging most certainly does.<br>
<br>
<br>
<br>
> A problem with this method is that it drops off the very information you<br>
> need to see what your noise floor is.<br>
<br>
<br>
Yes, that's a good point.  Removing the obvious high-frequency noise gives<br>
the impression that there is no low-frequency noise, which is not correct.<br>
<br>
<br>
<br>
> I put this out there only for those who insist on smoothing.  I use my<br>
> data un-smoothed for EXAFS analysis, knowing that the treatment of noise<br>
> and sampling finer than the k-bin is not really right.<br>
><br>
<br>
<br>
<br>
> I don't really see the usefulness of smoothing for XANES or EXAFS<br>
> analysis, though it might be OK for display if not overdone.<br>
><br>
<br>
Yes, I agree -- not smoothing chi(k) is the best approach.  But if you do<br>
smooth, use Savitzky-Golay on the uniform chi(k).<br>
<br>
<br>
-- <br>
--Matt<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20170420/2cafb5d5/attachment-0001.html">https://protect-au.mimecast.com/s/Ld1ZBmS8pMZwun?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Fri, 21 Apr 2017 20:01:05 +0700<br>
From: Van Vu <vuxxx047@umn.edu><br>
To: XAFS Analysis using Ifeffit <ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov><br>
Subject: [Ifeffit] Looking for EXAFS data of Ni2+ ion in aqueous<br>
        solution<br>
Message-ID:<br>
        <CAEDZ6XA66edg1-baDhBnjvzwQSBGD8RS3jmcA7wzmhYSne-N7w@mail.gmail.com><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear everyone,<br>
I am looking for XAS data of Ni2+ ion in aqueous solution that contains<br>
EXAFS data in the k range of 0-12 (Angstrom-1) or so for an undergraduate<br>
student project. I was wondering if anyone would be willing to share the<br>
data with me?<br>
Many thanks in advance.<br>
Best,<br>
Van<br>
<br>
On Fri, Apr 21, 2017 at 5:02 AM, Christopher Thomas Chantler <<br>
chantler@unimelb.edu.au> wrote:<br>
<br>
> Note that in general any and every smoothing operation reduces the<br>
> information content of the data and its ability to reveal structure. Also,<br>
> many of the smoothing algorithms change the data point values at vertices,<br>
> so change the data prior to analysis.<br>
><br>
><br>
> Hence in general avoid unless you know exactly the physical cause<br>
> requiring smoothing.<br>
><br>
><br>
> Best wishes<br>
><br>
><br>
> ------------------------------------------------------------<br>
> --------------------------<br>
> Christopher Chantler, Professor, FAIP, Fellow American Physical Society<br>
> Editor-in-Chief, Radiation Physics and Chemistry<br>
> Chair, International IUCr Commission on XAFS<br>
> President, International Radiation Physics Society<br>
> School of Physics, University of Melbourne<br>
> Parkville Victoria 3010 Australia<br>
> +61-3-83445437 FAX +61-3-93474783<br>
> chantler@unimelb.edu.au<br>
> <<a href="https://owa.unimelb.edu.au/owa/redir.aspx?C=c7BoS0kVVkC1_S95-9x9l5cBu6YTjdAITgSrfUpfDAUV5oUH1LFYBcz08w8xvHMJoosZRdagfQM.&URL=mailto%3achantler%40unimelb.edu.au">https://owa.unimelb.edu.au/owa/redir.aspx?C=c7BoS0kVVkC1_S95-9x9l5cBu6YTjdAITgSrfUpfDAUV5oUH1LFYBcz08w8xvHMJoosZRdagfQM.&URL=mailto%3achantler%40unimelb.edu.au</a>><br>
> chantler@me.com<br>
> <<a href="https://owa.unimelb.edu.au/owa/redir.aspx?C=c7BoS0kVVkC1_S95-9x9l5cBu6YTjdAITgSrfUpfDAUV5oUH1LFYBcz08w8xvHMJoosZRdagfQM.&URL=mailto%3achantler%40me.com">https://owa.unimelb.edu.au/owa/redir.aspx?C=c7BoS0kVVkC1_S95-9x9l5cBu6YTjdAITgSrfUpfDAUV5oUH1LFYBcz08w8xvHMJoosZRdagfQM.&URL=mailto%3achantler%40me.com</a>><br>
> <a href="http://optics.ph.unimelb.edu.au/~chantler/xrayopt/xrayopt.html">http://optics.ph.unimelb.edu.au/~chantler/xrayopt/xrayopt.html</a><br>
> <<a href="https://owa.unimelb.edu.au/owa/redir.aspx?C=c7BoS0kVVkC1_S95-9x9l5cBu6YTjdAITgSrfUpfDAUV5oUH1LFYBcz08w8xvHMJoosZRdagfQM.&URL=http%3a%2f%2foptics.ph.unimelb.edu.au%2f%7echantler%2fxrayopt%2fxrayopt.html">https://owa.unimelb.edu.au/owa/redir.aspx?C=c7BoS0kVVkC1_S95-9x9l5cBu6YTjdAITgSrfUpfDAUV5oUH1LFYBcz08w8xvHMJoosZRdagfQM.&URL=http%3a%2f%2foptics.ph.unimelb.edu.au%2f%7echantler%2fxrayopt%2fxrayopt.html</a>><br>
> <a href="http://optics.ph.unimelb.edu.au/~chantler/home.html">http://optics.ph.unimelb.edu.au/~chantler/home.html</a><br>
> <<a href="https://owa.unimelb.edu.au/owa/redir.aspx?C=c7BoS0kVVkC1_S95-9x9l5cBu6YTjdAITgSrfUpfDAUV5oUH1LFYBcz08w8xvHMJoosZRdagfQM.&URL=http%3a%2f%2foptics.ph.unimelb.edu.au%2f%7echantler%2fhome.html">https://owa.unimelb.edu.au/owa/redir.aspx?C=c7BoS0kVVkC1_S95-9x9l5cBu6YTjdAITgSrfUpfDAUV5oUH1LFYBcz08w8xvHMJoosZRdagfQM.&URL=http%3a%2f%2foptics.ph.unimelb.edu.au%2f%7echantler%2fhome.html</a>><br>
><br>
> ------------------------------<br>
> *From:* Ifeffit <ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov> on behalf of<br>
> ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov <ifeffit-request@millenia.<br>
> <a href="http://cars.aps.anl.gov">
https://protect-au.mimecast.com/s/GN1VBvt6aeV8I1?domain=cars.aps.anl.gov</a>><br>
> *Sent:* Friday, 21 April 2017 3:00:01 AM<br>
> *To:* ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov<br>
> *Subject:* Ifeffit Digest, Vol 170, Issue 19<br>
><br>
> Send Ifeffit mailing list submissions to<br>
>         ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov<br>
><br>
> To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
>         <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit">
https://protect-au.mimecast.com/s/krZOBlimO6EJCD?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov">
https://protect-au.mimecast.com/s/YZ52BmizXox7tA?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> <<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit">https://protect-au.mimecast.com/s/krZOBlimO6EJCD?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
> or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
>         ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov<br>
><br>
> You can reach the person managing the list at<br>
>         ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov<br>
><br>
> When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
> than "Re: Contents of Ifeffit digest..."<br>
><br>
><br>
> Today's Topics:<br>
><br>
>    1. Re: The difference of EXAFS oscillation when using Athena and<br>
>       when using Larch (Yuji Mahara)<br>
><br>
><br>
> ----------------------------------------------------------------------<br>
><br>
> Message: 1<br>
> Date: Thu, 20 Apr 2017 19:47:20 +0900<br>
> From: "Yuji Mahara" <mahara.yuji@e.mbox.nagoya-u.ac.jp><br>
> To: "'XAFS Analysis using Ifeffit'"<br>
>         <ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov><br>
> Subject: Re: [Ifeffit] The difference of EXAFS oscillation when using<br>
>         Athena  and when using Larch<br>
> Message-ID: <003501d2b9c3$7c75c560$75615020$@e.mbox.nagoya-u.ac.jp><br>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
><br>
> Dear Matt<br>
><br>
><br>
><br>
> Thank you for your reply.<br>
><br>
> I confirmed that chi (k) becomes smooth by the Savitzky-Goley method by<br>
> doing the attached lar file.<br>
><br>
><br>
><br>
> I will try on various conditions from now.<br>
><br>
> I may also ask if there is something I do not understand.<br>
><br>
> Thank you for your help again!<br>
><br>
><br>
><br>
> Bests,<br>
><br>
> Yuji Mahara<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> From: Ifeffit [<a href=""></a>mailto:ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov<br>
> <ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov>] On Behalf Of Matt Newville<br>
> Sent: Thursday, April 20, 2017 5:26 AM<br>
> To: XAFS Analysis using Ifeffit <ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov><br>
> Subject: Re: [Ifeffit] The difference of EXAFS oscillation when using<br>
> Athena and when using Larch<br>
><br>
><br>
><br>
> Hi Yuji,<br>
><br>
> The attached larch script (a modification of your script but note: not<br>
> python, so you may have to add a bunch of '_larch=mylarch' arguments) to<br>
> show the effects of smoothing with Savitzky-Golay and of interpolating onto<br>
> a "classic XAFS energy grid".   You might want to play around with this<br>
> different options.  It definitely seems that none of these methods are<br>
> systematically over-smoothing the data and reducing the amplitudes of the<br>
> oscillations -- one more reason to use Larch instead of Ifeffit.  But it<br>
> also seems like smoothing this data with a Savitzky-Golay fitler is helpful.<br>
><br>
> Also attached are plots showing k- and R-space generated from the attached<br>
> script.<br>
><br>
><br>
><br>
> --Matt<br>
><br>
> -------------- next part --------------<br>
> An HTML attachment was scrubbed...<br>
> URL: <<a href=""></a><a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20170420/c04024db/attachment-0001.html">http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20170420/c04024db/attachment-0001.html</a><br>
> <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov">
https://protect-au.mimecast.com/s/YZ52BmizXox7tA?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> <<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20170420/c04024db/attachment-0001.html">https://protect-au.mimecast.com/s/K41rBvSE4XrOHl?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
> ><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> Subject: Digest Footer<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Ifeffit mailing list<br>
> Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov<br>
> <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit">
https://protect-au.mimecast.com/s/krZOBlimO6EJCD?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov">
https://protect-au.mimecast.com/s/YZ52BmizXox7tA?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> <<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit">https://protect-au.mimecast.com/s/krZOBlimO6EJCD?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
> Unsubscribe: <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/options/ifeffit">
https://protect-au.mimecast.com/s/e4MdB8SG64E7tY?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov">
https://protect-au.mimecast.com/s/YZ52BmizXox7tA?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> <<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/options/ifeffit">https://protect-au.mimecast.com/s/e4MdB8SG64E7tY?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> End of Ifeffit Digest, Vol 170, Issue 19<br>
> ****************************************<br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Ifeffit mailing list<br>
> Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov<br>
> <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit">
https://protect-au.mimecast.com/s/krZOBlimO6EJCD?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> Unsubscribe: <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/options/ifeffit">
https://protect-au.mimecast.com/s/e4MdB8SG64E7tY?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20170421/d9fbaf12/attachment.html">https://protect-au.mimecast.com/s/W91wBaiw968bcp?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Subject: Digest Footer<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Ifeffit mailing list<br>
Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov<br>
<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit">https://protect-au.mimecast.com/s/krZOBlimO6EJCD?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
Unsubscribe: <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/options/ifeffit">
https://protect-au.mimecast.com/s/e4MdB8SG64E7tY?domain=millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
End of Ifeffit Digest, Vol 170, Issue 21<br>
****************************************<br>
<br>
</div>
</span></font>
</body>
</html>