<div dir="ltr">Hi Nino,<br><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 12, 2016 at 9:08 PM, pereira <span dir="ltr"><<a href="mailto:ninorpereira@gmail.com" target="_blank">ninorpereira@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi All,<br>
<br>
new to this list and to the field, so please be patient and kind<br>
and helpful in any response you may have. So far everyone I've<br>
reached on this topic has been extraordinary good. I still have to<br>
learn the lore though.<br>
<br>
I'd like to compute the x-ray transmission as function of the x-ray<br>
energy, for a particular mass per unit area of a substance, say Zn.<br>
In the XAS data base I find Zn foil at room temperature, recently measured<br>
and even more recently put into the data base just in time for<br>
my purpose. Thank you!  The question is:  is there a ready-made program<br>
to use those data? I see that your community has a whole slew of<br>
programs that do the opposite, go from the attenuation and/or fluorescence<br>
measured on a beam line to the attenuation coefficient, apparently without<br>
having to know the mass per unit area of the filter. I see Demeter,<br>
Athena, Larch, and various others but they all seem to go the wrong<br>
way for (and much further than) what I need.<br>
<br>
Instead, I'd like to pick up the data you guys measured on the synchrotron,<br>
and convert those into the X-ray transmission of a filter for which I select<br>
the mass per unit area.<br>
<br>
In trying to figure out how to do this I look at the graphs in the database,<br>
and the numbers behind Zn foil.xdi.<br>
<br>
The graph on the top left side gives the "Raw XAFS" (y, say) as function of energy.<br>
I interpret that as y = - ln (itrans/i0), where i0 and itrans are in     Zn foil.xdi<br>
as the intensity of the incoming x-ray beam, and the beam behind the<br>
particular filter. Far from the edge, at 9600 eV, I see i0=93769.049842<br>
and itrans=56429.849906, so that y=0.508. I can't tell from the graph whether this<br>
is indeed the case, so I go to the NIST tables. They give 35.05 cm^2/g on the<br>
low side of the edge. Then, the mass per unit area of this particular foil<br>
must have been 14.5 mg/cm^2.<br>
<br>
At 10000 eV the same thing gives y=3.603. This is pretty close to what I<br>
see in the graph, so I'm tempted to think that guessing "Raw XAFS"= ln(i0/itrans).<br>
However, for (mu/rho) NIST gives 233.1 cm^2/g, so I get for the foil's mass<br>
per unit area 16 mg/cm^2. Not quite right.<br>
<br>
Any comments on what I might have done wrong?<br>
<br>
It seems to me that by measuring the transmission of a particular filter on<br>
some X-ray source we might have available would then in effect measure<br>
the mass per unit area, so that this can be taken into account by simply<br>
exponentiating itrans/i0 with the right exponent ( = multiplying the<br>
logs with the right factor).<br>
<br>
Is something like this already implemented in one of your programs? If so,<br>
which one?<br><br></blockquote><div><br></div><div>For XANES and EXAFS we (most of us, anyway) tend to not care about the value of the mass attenuation in cm^2/gr, though we do pay attention to total  attenuation in cm^-1, at least insofar as we get the sample thickness correct.     The measurements we report are rarely in true units, as I0 is typically a sampled current from an upstream ion chamber and I1 is a sampled current from a downstream ion chamber -- we don't bother converting these numbers to flux just before and just after the sample -- we know there are arbitrary scale factors, but they tend to cancel out.<br><br></div><div>The step in the reported -log(I1/I0) should be a good measure of the edge step in mu*x, and we typically aim for value around 1 (so that going across the edge changes the attenuation by 1/e).  <br><br><br></div><div>I think what you want are good values for mass attenuation for the Zn K edge.  These are tabulated and available in the Hephaestus program (that is part of the Demeter package), and also in Larch.    For example, in Larch,  you could do<br>     larch> en = linspace(9500, 10000, 501)<br>     larch> mu = mu_elam(30, en)<br>     larch> plot(en, mu)<br><br></div><div>Here, mu (in cm^2/gr) will go from about 35 below the edge to about 250 above the edge.    Of course, these tables are atomic, and have no chemical or structural effects included.   But, a simple offset and scaling of the measured mu to match these atomic values should be pretty good.<br><br></div><div>Hephaestus also has a nice calculator for the 1/e thickness of a sample (in your case, filter) of a given composition and density, at a particular energy.<br><br></div><div>Hope that helps!<br></div><div><br>--Matt<br><br></div></div></div></div>