<div dir="ltr"><div><div>Hi Anders,<br><br>Is there a reason you are trying to install from source? Have you tried to install from macports?<br></div><br></div>George<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 20, 2015 at 5:16 PM, Anders Glans <span dir="ltr"><<a href="mailto:paglans@lbl.gov" target="_blank">paglans@lbl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi again,<div><br></div><div>I have rebuilt things more carefully but I still have problems.</div><div><br></div><div>- I built pgplot following the instructions at <a href="http://www.iac.es/sieinvens/siepedia/pmwiki.php?n=HOWTOs.PGPLOTMacOSX" target="_blank">http://www.iac.es/sieinvens/siepedia/pmwiki.php?n=HOWTOs.PGPLOTMacOSX</a>. It works fine and the test produces png files. </div><div><br></div><div>- I have been building ifeffit in various ways. The current version of my ./configure command looks like this:</div><div>$ ./configure --with-fortran=gfortran --with-pgplot=/usr/local/lib/pgplot --with-pgplot-link='-L/usr/local/lib/pgplot -lpgplot -lXaPgplot -lcpgplot' CC=gcc-fsf-4.9 CFLAGS=-m64 FFLAGS='-ffixed-line-length-132 -m64' LDFLAGS='-L/usr/X11/lib -lX11 -lXt -lXaw3d -I/usr/local/include -I/sw10.9/include -L/sw10.9/lib -lpng’</div><div><br></div><div>gfortran and gcc are installed via fink. I have also tried Apples stock gcc. I have tried with and without the -m64 flags, with just pgplot or by also including XaPgplot and cpgplot.</div><div><br></div><div>The build seems to include pgplot, part of the output during the make is:</div><div><div>make[3]: Entering directory '/Users/Anders/ifeffit/ifeffit/src/cmdline'</div><div>gcc-fsf-4.9 -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../..     -m64 -c iff_shell.c</div><div>gcc-fsf-4.9  -m64 -L/usr/X11/lib -lX11 -lXt -lXaw3d -I/usr/local/include -I/sw10.9/include -L/sw10.9/lib -lpng -o ifeffit  iff_shell.o ../lib/libifeffit.a  -L/usr/local/lib/pgplot -lpgplot -lXaPgplot -lcpgplot ../../readline/libreadline.a -L/usr/lib -lncurses -L/usr/X11/lib -L/sw10.9/lib -L/opt/intel/composer_xe_2015.0.077/compiler/lib -L/opt/intel/composer_xe_2015.0.077/mkl/lib -L/sw10.9/lib/gcc4.9/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.4.0/4.9.2 -L/sw10.9/lib/gcc4.9/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.4.0/4.9.2/../../.. -lX11 -lXt -lXaw3d -lpng -lgfortran -lSystem -lgcc_ext.10.5 -lquadmath -lm</div><div>make[3]: Leaving directory '/Users/Anders/ifeffit/ifeffit/src/cmdline’</div></div><div><br></div><div>The test of ifeffit still produces:</div><div><span class=""><div>$ ifeffit</div><div> Ifeffit   1.2.12 Copyright (c) 2005 Matt Newville, Univ of Chicago</div><div>                command-line shell version 1.1 with GNU Readline</div><div>Ifeffit> testplot</div><div> %PGPLOT, Unrecognized device type</div></span><span class=""><div> %PGPLOT, Invalid device specification: /AQT</div><div> %PGPLOT, PGBBUF: selected graphics device is not open</div><div> %PGPLOT, PGQCI: selected graphics device is not open</div><div> %PGPLOT, PGQFS: selected graphics device is not open</div><div> %PGPLOT, PGSCI: selected graphics device is not open</div><div> %PGPLOT, PGSFS: selected graphics device is not open</div><div> %PGPLOT, PGSVP: selected graphics device is not open</div><div> %PGPLOT, PGBBUF: selected graphics device is not open</div><div> %PGPLOT, PGEBUF: selected graphics device is not open</div><div> %PGPLOT, PGSVP: selected graphics device is not open</div><div> %PGPLOT, PGSCI: selected graphics device is not open</div><div> %PGPLOT, PGSFS: selected graphics device is not open</div><div> %PGPLOT, PGEBUF: selected graphics device is not open</div><div>  ** plot error: cannot open device:</div><div> %PGPLOT, Unrecognized device type</div><div> %PGPLOT, Invalid device specification: /AQT</div><div>  ** plot error: cannot open device:</div></span></div><div><br></div><div>I have run out of ideas of what to try next. </div><div><br></div><div>(The configure script picks up the paths for ifort libraries, could this be the problem? I could try to edit these out of all the makefiles… I don’t know how to make configure not pick these up.)</div><div><br></div><div>Any ideas much appreciated.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Anders</div></font></span><div><div class="h5"><div> <br>
<br><div><blockquote type="cite"><div>On Mar 19, 2015, at 14:55 PM, Bruce Ravel <<a href="mailto:bravel@bnl.gov" target="_blank">bravel@bnl.gov</a>> wrote:</div><br><div><br>Anders,<br><br>I see two things that look like problems.  I have never built Demeter<br>on a Mac myself, so there may be limits to how good my advice can be.<br>That said:<br><br>You are clearly not linking against the pgplot library you compiled.<br>I glean this from the fact that you see this:<br><br>   Use of uninitialized value $pgplot_location in substitution (s///)<br>   at DemeterBuilder.pm line 191.<br><br>and this (from your previous email):<br><br>   $ ifeffit<br>   Ifeffit   1.2.12 Copyright (c) 2005 Matt Newville, Univ of Chicago<br>                  command-line shell version 1.1 with GNU Readline<br>   Ifeffit> testplot<br>      %PGPLOT, Unrecognized device type<br><br>and so on.  You need to make sure that pgplot is someplace that the<br>linker/loader knows to look when you build ifeffit.  But I do not know<br>how that works on the mac.<br><br>The bigger problem is this:<br><br>On 03/19/2015 05:42 PM, Anders Glans wrote:<br><blockquote type="cite">env LD_RUN_PATH=/System/Library/Perl/5.18/darwin-thread-multi-2level/CORE cc -mmacosx-version-min=10.10 -arch x86_64 -arch i386 -bundle -undefined dynamic_lookup -fstack-protector -o src/Ifeffit.dylib src/ifeffit_wrap.o<br>Simple test for presence of gnuplot ---> found it!  Using gnuplot with the x11 terminal.<br>Building Demeter<br>Building Artemis User's Guide<br>Building Athena User's Guide<br>copying src/Ifeffit.so to /Users/Anders/perl/auto/Ifeffit/Ifeffit.so<br></blockquote><br>It seems that my build script is too stupid to know that the shared<br>object library built from the ifeffit wrapper is called .dylib and not<br>.so.<br><br>Try copying "src/Ifeffit.dylib" to "/Users/Anders/perl/auto/Ifeffit/"<br>by hand, then doing "./Build" again.<br><br>Perhaps oddly, I am not worried about that whole slew of warnings.  I<br>don't think they matter.<br><br>Hopefully with the .dylib file in the correct location, this<br><br>  t/000_ifeffit.t ......... Can't load<br>'/Library/Perl/5.18/darwin-thread-multi-2level/auto/Ifeffit/Ifeffit.bundle'<br>  for module Ifeffit:<br><br>and so on, won't happen.<br><br>Fingers crossed!<br>B<br><br>-- <br> Bruce Ravel  ------------------------------------ <a href="mailto:bravel@bnl.gov" target="_blank">bravel@bnl.gov</a><br><br> National Institute of Standards and Technology<br> Synchrotron Science Group at NSLS-II<br> Building 535A<br> Upton NY, 11973<br><br> Homepage:    <a href="http://bruceravel.github.io/home/" target="_blank">http://bruceravel.github.io/home/</a><br> Software:    <a href="https://github.com/bruceravel" target="_blank">https://github.com/bruceravel</a><br> Demeter:     <a href="http://bruceravel.github.io/demeter/" target="_blank">http://bruceravel.github.io/demeter/</a><br>_______________________________________________<br>Ifeffit mailing list<br><a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov" target="_blank">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br><a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
Ifeffit mailing list<br>
<a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>