<div dir="ltr">Dear Bruce,<div><br></div><div>Thanks for the reply.</div><div><br></div><div>Please see the attachment for the files which i have used.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Raj</div><div><br></div><div><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 11, 2015 at 6:00 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov" target="_blank">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send Ifeffit mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of Ifeffit digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: Increase in uncertainty of Eo and fitting mismatch<br>
      (Matt Newville)<br>
   2. Re: Data being overwritten in Artemis history window (Bruce Ravel)<br>
   3. (D)Artemis shutting down automatically (Raj kumar)<br>
   4. Re: (D)Artemis shutting down automatically (Bruce Ravel)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Tue, 10 Mar 2015 12:08:24 -0500<br>
From: Matt Newville <<a href="mailto:newville@cars.uchicago.edu">newville@cars.uchicago.edu</a>><br>
To: XAFS Analysis using Ifeffit <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
Subject: Re: [Ifeffit] Increase in uncertainty of Eo and fitting<br>
        mismatch<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CA%2B7ESbot-UZAgz3WM9EqaNROc7io%2BKnBE5NbEoMvxVoixPWGcw@mail.gmail.com">CA+7ESbot-UZAgz3WM9EqaNROc7io+KnBE5NbEoMvxVoixPWGcw@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8<br>
<br>
Raj,<br>
<br>
Some comments and suggestions.<br>
<br>
On Tue, Mar 10, 2015 at 11:11 AM, Raj kumar <<a href="mailto:rajrk37@gmail.com">rajrk37@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Dear All,<br>
><br>
> Recently, I recorded Copper foil EXAFS as a reference in (Dispersive EXAFS)<br>
> transmission mode at Soleil, Paris. For understanding the data quality (of<br>
> my sample), i started fitting copper EXAFS through Artemis. After the DATA<br>
> extraction, i fitted copper in Artemis and found a shift in energy. For this<br>
> reason, i have modeled with and without corrected Copper EXAFS in Artemis.<br>
<br>
What does "with and without corrected Copper EXAFS" mean?<br>
<br>
> Initially, i started with first shell and progressed to three shell fit<br>
> through step by step. During the course of fitting, some of the following<br>
> troubles have been faced. Please help me to rectify it.<br>
><br>
> For first shell fit: Everything goes well and converged to reasonable<br>
> physical values of copper foil. Whereas for further increment in copper<br>
> shells leads to increase in Debye-waller factor for all three shells and<br>
<br>
By itself would not  worry me too mcuh.<br>
<br>
> increase in uncertainty value of E0 than the actual value.<br>
<br>
What actual value?  You mean the uncertainty in  E0 increases when you<br>
go from 1 to 3 shells?   That increase in uncertainty could easily be<br>
due to a worse overall fit.<br>
<br>
> Moreover, i have noticed that the (increase of shells in the fit) not only<br>
> changes the physical parameters and also modifies the Fourier transform.<br>
<br>
The Fourier transform of the data depends only on the k-space data,<br>
and the weighting and windowing applied.  It doesn't depend on the<br>
values of the fitting parameters -- those affect only the Fourier<br>
transform of the model.<br>
<br>
> The inference are the following: A shift in first and third shell of Cu-Cu<br>
> are observed, respectively, to larger and shorter distance than the<br>
> experimental spectrum with diminished second shell amplitude.<br>
<br>
Not sure what you mean.... larger and shorter than what?<br>
<br>
I would recommend fitting one spectrum first -- I don't quite<br>
understand why you have 2 spectra with an obvious E0 shift between<br>
them, and no (unless I missed something) shared parameters.<br>
<br>
<br>
--Matt<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Tue, 10 Mar 2015 13:50:59 -0400<br>
From: Bruce Ravel <<a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a>><br>
To: XAFS Analysis using Ifeffit <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
Subject: Re: [Ifeffit] Data being overwritten in Artemis history<br>
        window<br>
Message-ID: <<a href="mailto:54FF2F03.8060708@bnl.gov">54FF2F03.8060708@bnl.gov</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=windows-1252; format=flowed<br>
<br>
On 03/09/2015 04:17 AM, Godfrey, Ian wrote:<br>
> In the history window some, but not all, data from previous fits seems<br>
> to get overwritten when running a new fit. Specifically I've noticed<br>
> this happening with the information in the "Data set" section. To<br>
> reproduce run a QFS fit with some R-space fitting windows (say 2-4); at<br>
> this point the log will be displayed correctly in the history window.<br>
> Now change the R window (say 1.5-3.5) and run the fit again. When you go<br>
> to the history window the R window information will be displayed<br>
> correctly for the most recent fit but, for the previous fit it will have<br>
> been overwritten by the newer fit. Some of the other info, such as<br>
> R-factor by k-weight seems to get overwritten too.<br>
<br>
I just pushed a fix for this to github and posted new windows installer<br>
candidates at<br>
<br>
   <a href="http://bruceravel.github.io/demeter/#windows" target="_blank">http://bruceravel.github.io/demeter/#windows</a><br>
<br>
If you see any other questionable behavior in the history window let me<br>
know. I think I understood the ramifications of the fix I made, but I am<br>
not 100% certain.<br>
<br>
The windows installers also include the most recent version of gnuplot.<br>
  Hopefully that will address your problem regarding zooming and<br>
scrolling.<br>
<br>
If it does not, try changing the gnuplot->terminal configuration<br>
parameter to "qt".  qt is one of the other terminal options in the new<br>
version of gnuplot.  It makes a pretty plot, but I like the controls on<br>
the wxt terminal more.  If you are unsatisfied with that, try setting it<br>
to "windows", which is the third (and to my eye, the worst) of the three<br>
plot terminal options.  Hopefully one of them will work for you.<br>
<br>
Cheers,<br>
B<br>
<br>
<br>
--<br>
  Bruce Ravel  ------------------------------------ <a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a><br>
<br>
  National Institute of Standards and Technology<br>
  Synchrotron Science Group at NSLS-II<br>
  Building 535A<br>
  Upton NY, 11973<br>
<br>
  Homepage:    <a href="http://bruceravel.github.io/home/" target="_blank">http://bruceravel.github.io/home/</a><br>
  Software:    <a href="https://github.com/bruceravel" target="_blank">https://github.com/bruceravel</a><br>
  Demeter:     <a href="http://bruceravel.github.io/demeter/" target="_blank">http://bruceravel.github.io/demeter/</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Wed, 11 Mar 2015 09:59:54 +0100<br>
From: Raj kumar <<a href="mailto:rajrk37@gmail.com">rajrk37@gmail.com</a>><br>
To: <a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
Subject: [Ifeffit] (D)Artemis shutting down automatically<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAAW7%2BQMAn0kbe0udnpMzyPpqsb0X_t632Qwk7bWuMhtbzY96WQ@mail.gmail.com">CAAW7+QMAn0kbe0udnpMzyPpqsb0X_t632Qwk7bWuMhtbzY96WQ@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear All,<br>
<br>
Recently, i have faced automatic shutting down of artemis during the import<br>
of chi file. For more clarification, please see the first log file.<br>
<br>
Also, i observed emptying of .fpj files. This happens during the saving of<br>
old .apj to .fpj or/and during the frequent saving of .fpj files after .apj<br>
conversion. Please see the second log file for this problem.<br>
<br>
<br>
Regards,<br>
Raj<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20150311/d5ed2f37/attachment.html" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20150311/d5ed2f37/attachment.html</a>><br>
-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: dartemis.log<br>
Type: application/octet-stream<br>
Size: 552 bytes<br>
Desc: not available<br>
URL: <<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20150311/d5ed2f37/attachment-0002.obj" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20150311/d5ed2f37/attachment-0002.obj</a>><br>
-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: dartemis.log<br>
Type: application/octet-stream<br>
Size: 384 bytes<br>
Desc: not available<br>
URL: <<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20150311/d5ed2f37/attachment-0003.obj" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20150311/d5ed2f37/attachment-0003.obj</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Wed, 11 Mar 2015 08:59:59 -0400<br>
From: Bruce Ravel <<a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a>><br>
To: XAFS Analysis using Ifeffit <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
Subject: Re: [Ifeffit] (D)Artemis shutting down automatically<br>
Message-ID: <<a href="mailto:55003C4F.5020906@bnl.gov">55003C4F.5020906@bnl.gov</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=windows-1252; format=flowed<br>
<br>
On 03/11/2015 04:59 AM, Raj kumar wrote:<br>
> Dear All,<br>
><br>
> Recently, i have faced automatic shutting down of artemis during the<br>
> import of chi file. For more clarification, please see the first log file.<br>
><br>
> Also, i observed emptying of .fpj files. This happens during the saving<br>
> of old .apj to .fpj or/and during the frequent saving of .fpj files<br>
> after .apj conversion. Please see the second log file for this problem.<br>
><br>
<br>
I need to be able to reproduce these errors on my own computer.  Without<br>
an example of data that triggers the problems, I can't do much.<br>
<br>
<a href="http://bruceravel.github.io/demeter/pods/bugs.pod.html" target="_blank">http://bruceravel.github.io/demeter/pods/bugs.pod.html</a><br>
<br>
B<br>
<br>
<br>
--<br>
  Bruce Ravel  ------------------------------------ <a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a><br>
<br>
  National Institute of Standards and Technology<br>
  Synchrotron Science Group at NSLS-II<br>
  Building 535A<br>
  Upton NY, 11973<br>
<br>
  Homepage:    <a href="http://bruceravel.github.io/home/" target="_blank">http://bruceravel.github.io/home/</a><br>
  Software:    <a href="https://github.com/bruceravel" target="_blank">https://github.com/bruceravel</a><br>
  Demeter:     <a href="http://bruceravel.github.io/demeter/" target="_blank">http://bruceravel.github.io/demeter/</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Ifeffit mailing list<br>
<a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
<br>
<br>
End of Ifeffit Digest, Vol 145, Issue 17<br>
****************************************<br>
</blockquote></div><br></div></div></div>