<div dir="ltr">Frank,<div><br></div><div>I apologize for not responding sooner, other urgent issues suddenly came up!</div><div><br></div><div>I followed Bruce's installation directions on the Demeter page (<a href="http://bruceravel.github.io/demeter/">http://bruceravel.github.io/demeter/</a>) and the Xcode (<a href="https://guide.macports.org/#installing.xcode">https://guide.macports.org/#installing.xcode</a>) and Macports (<a href="https://www.macports.org/install.php">https://www.macports.org/install.php</a>) installation instructions. I had issues the first time I tried to install Demeter (i.e. text in Terminal indicated things weren't proceeding successfully and it was taking a long time), but the second time, it appeared to work.</div><div><br></div><div>I now am receiving the "command not found" response when trying to open the Athena program in Terminal. I don't know why that didn't happen earlier.</div><div><br></div><div>Ellen</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 8, 2014 at 3:55 PM, Schima, Frank <span dir="ltr"><<a href="mailto:frank.schima@nist.gov" target="_blank">frank.schima@nist.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
<br>
<br>
<div><span class="">
<div>On Oct 7, 2014, at 5:08 PM, Ellen Daugherty <<a href="mailto:daughertyee@gmail.com" target="_blank">daughertyee@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">Bruce and Frank,
<div><br>
</div>
<div>In response to Bruce's suggestion:</div>
<div>
<blockquote type="cite">A simple way to test from the command line whether the modules can be loaded is to do<br>
<br>
   perl -e 'use PDL::Lite'<br>
<br>
My output is:<br>
<br>
"<font face="courier new, monospace">Can't locate PDL/Lite.pm in @INC (@INC contains: /Library/Perl/5.16/darwin-thread-multi-2level /Library/Perl/5.16 /Network/Library/Perl/5.16/darwin-thread-multi-2level /Network/Library/Perl/5.16 /Library/Perl/Updates/5.16.2
 /System/Library/Perl/5.16/darwin-thread-multi-2level /System/Library/Perl/5.16 /System/Library/Perl/Extras/5.16/darwin-thread-multi-2level /System/Library/Perl/Extras/5.16 .) at -e line 1.<br>
<br>
BEGIN failed--compilation aborted at -e line 1.</font>"<br>
<br>
</blockquote>
In response to Frank's suggestions:</div>
<div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font face="Monaco"><br>
</font></div>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font face="Monaco">$ port installed perl5</font></div>
</div>
<div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
</div>
</div>
<div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">My output is: </div>
</div>
<div>
<div style="font-size:13px">
<p><font face="courier new, monospace">-bash: port: command not found</font></p>
</div>
</div>
<div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
</div>
</div>
<div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">And for,</div>
</div>
<div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
</div>
</div>
<div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><font face="Monaco">$ echo $PATH</font></div>
</div>
<div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
</div>
</div>
<div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">My output is:</div>
</div>
<div style="font-size:13px">
<p><font face="courier new, monospace">/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/opt/X11/bin</font></p>
</div>
</blockquote>
<div>Does this mean that there is a problem with the Macports location?</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
</span><div>It means your path is not setup to find Macports. It says nothing about if Macports is installed or not. So when you run “perl” you are using the OS X perl and of course that won’t work. Now I’m really curious. Given this, how did you install the demeter-devel
 port and how are you actually running demeter programs? You would have encountered the same “command not found “ errors unless your path was correct like mine is. </div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
-Frank</font></span></div><div><div class="h5">
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">
<div><br>
</div>
Thank you!
<div><br>
</div>
<div>Ellen<br>
<div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Oct 7, 2014 at 2:18 PM, Schima, Frank <span dir="ltr">
<<a href="mailto:frank.schima@nist.gov" target="_blank">frank.schima@nist.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word"><span>On Oct 7, 2014, at 1:29 PM, Bruce Ravel <<a href="mailto:bravel@bnl.gov" target="_blank">bravel@bnl.gov</a>> wrote:<br>
</span>
<div><span><br>
<blockquote type="cite">On 10/07/2014 02:43 PM, Schima, Frank wrote:<br>
<blockquote type="cite">I’m going to need specific steps to reproduce the issue.<br>
</blockquote>
<br>
As I understood the issue from Ellen's first message, the problem is that Athena is not able to find the modules "PDL::Lite" (which should be installed when "PDL" is installed) and/or "PDL::Stats::GLM".<br>
<br>
If I force Athena to fail to load one of them, then selecting "Principle Components Analysis" from the main menu will look like the first attachment.<br>
<br>
If Athena can find those two modules, the selecting "Principle Components Analysis" will look like the second attachment.<br>
<br>
The test in Athena is really simple.  If those two modules can be loaded successfully, then the PCA tool will display properly.  If not, that message is the graceful fall back.  My guess is that one or both of those perl modules is not being found on Ellen's
 computer.<br>
<br>
A simple way to test from the command line whether the modules can be loaded is to do<br>
<br>
   perl -e 'use PDL::Lite'<br>
or<br>
   perl -e 'use PDL::Stats::GLM'<br>
<br>
If they cannot be found, then perl spits up an error message.  If  they can, then nothing happens.<br>
</blockquote>
<div><br>
</div>
</span>
<div>Nothing happens for me. So they are installed. At this point it looks like an issue with her Macports install. </div>
<div><br>
</div>
<div>I would start by verifying that she is correctly using perl 5.16 in Macports. What is the output of the following?</div>
<div><br>
</div>
<div><font face="Monaco">$ port installed perl5<br>
</font><br>
</div>
<div>Here is my output. </div>
<div><br>
</div>
<div><font face="Monaco">The following ports are currently installed:<br>
  perl5 @5.12.4_0+perl5_16 (active)</font></div>
<div><br>
</div>
<div>Then the Macports perl needs to be in your path. What is the output of the following?</div>
<div><br>
</div>
<div><font face="Monaco">$ echo $PATH<br>
</font><br>
</div>
<div>My output is:</div>
<div><br>
</div>
<div><font face="Monaco">/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin<br>
</font><br>
</div>
<div><br>
</div>
Cheers!</div>
<div>Frank</div>
<div><br>
<blockquote type="cite"><span><br>
B<br>
<br>
-- <br>
Bruce Ravel  ------------------------------------ <a href="mailto:bravel@bnl.gov" target="_blank">
bravel@bnl.gov</a><br>
<br>
National Institute of Standards and Technology<br>
Synchrotron Science Group at NSLS --- Beamlines U7A, X24A, X23A2<br>
Building 535A<br>
Upton NY, 11973<br>
<br>
Homepage:    <a href="http://bruceravel.github.io/home/" target="_blank">http://bruceravel.github.io/home/</a><br>
Software:    <a href="https://github.com/bruceravel" target="_blank">https://github.com/bruceravel</a><br>
Demeter:     <a href="http://bruceravel.github.io/demeter/" target="_blank">http://bruceravel.github.io/demeter/</a><br>
</span><span><pca_wrong.png></span><span><pca_right.png></span>_______________________________________________<span><br>
Ifeffit mailing list<br>
<a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov" target="_blank">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
</span></blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
_______________________________________________<br>
Ifeffit mailing list<br>
<a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov" target="_blank">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
Ifeffit mailing list<br>
<a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov" target="_blank">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div></div></div>

<br>_______________________________________________<br>
Ifeffit mailing list<br>
<a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>