<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"><base href="x-msg://438/"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Leon,<div><br></div><div>I am not sure I understand but from what you wrote, did you try to align the data sets to the NaBr standard or did you align the standard associated with each data set to the NaBr standard?  Using the align tool in Athena, one should align the same type of data, i.e. the same sample such as NaBr.  If the samples you try to align are different, then the align function will have some trouble, particularly if there are unique XANES features.  On the other point, a 17 eV shift is not out of the ordinary and Athena does a fine job even as large as 25 eV in my experience with Ag K edge.  calibrate and normalize can not be interchanged unless again I don't understand the problem completely.  Calibrate has to do with the energy scale of the data and normalize has to do with the intensity of the signal at each energy point.</div><div><br></div><div>please clarify,</div><div><br></div><div>Chris<br><div apple-content-edited="true">
********************************************<div>Dr. Christopher Patridge</div><div>Assistant Professor of Chemistry</div><div>Dept of Math and Natural Science</div><div>D'youville College</div><div>320 Porter Ave., Buffalo, NY 14201</div><div>Phone: 716-829-8096</div><div>Email:<span class="Apple-converted-space"> </span><u><font color="#1e42ff"><a href="mailto:patridgc@dyc.edu">patridgc@dyc.edu</a></font></u></div><div><br></div><br class="Apple-interchange-newline">

</div>
<br><div><div>On Oct 15, 2014, at 10:21 AM, Leon Clarke <<a href="mailto:L.Clarke@mmu.ac.uk">L.Clarke@mmu.ac.uk</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple" style="font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div class="WordSection1"><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">I’d like to report a possible bug within Athena.</div><p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> </p><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Last week I collected Br K-edge data at the APS and have experienced an issue with Athena during data alignment. The beamline energy required calibration and so I did the following data processing steps, in this order:</div><p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> </p><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt 36pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -18pt; "><span>1.<span style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-family: 'Times New Roman'; ">      <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span>Completed pre- and post-edge corrections, using windows relative to the actual Br K-edge energy, on the raw data exported from the beamline. (In other words these windows were not energy offsets relative to the actual measured edge position).</div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt 36pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -18pt; "><span>2.<span style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-family: 'Times New Roman'; ">      <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span>Used the flatten post-edge feature within Athena.</div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt 36pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -18pt; "><span>3.<span style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-family: 'Times New Roman'; ">      <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span>‘Calibrated’ (Normalised is a better term really) the first derivative of a NaBr measurement to the Br K-edge energy using the calibrate drop-down option. This resulted in the requirement for a -17.39 eV energy offset.</div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt 36pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-indent: -18pt; "><span>4.<span style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-family: 'Times New Roman'; ">      <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span>Tried to align all of the sample data to the NaBr ‘standard’ using the align drop-down option.</div><p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> </p><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">The issue I have had is with step #4. When I aligned, for several samples the XAFS (XANES) plots went wrong. It seems that Athena was not transforming the pre- and post-edge windows correctly for such a large energy shift, i.e. didn’t shift these to lower energies by 17.39 eV, and I think this is a bug within Athena.</div><p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> </p><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">I hope the above makes sense; I can provide an Athena project file, if required.</div><p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> </p><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Many thanks, Leon</div><p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> </p><p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> </p><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">-----</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">Dr Leon J. Clarke</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">Senior Lecturer in Environmental Analytical Chemistry</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">Division of Chemistry and Environmental Sciences</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">School of Science and the Environment</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">Faculty of Science and Engineering</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">Manchester Metropolitan University</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">John Dalton East</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">Oxford Road</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">Manchester</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">M1 5GD</span></div><p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; "> </span></p><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">E-mail:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:l.clarke@mmu.ac.uk" style="color: purple; text-decoration: underline; "><span style="color: blue; ">l.clarke@mmu.ac.uk</span></a></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">WWW:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://www.sste.mmu.ac.uk/" style="color: purple; text-decoration: underline; "><span style="color: blue; ">http://www.sste.mmu.ac.uk/</span></a></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">Tel: +44 (</span><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">0)161 247 1412<span style=""></span></span></div><p class="MsoNormal" style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> </p></div>"Before acting on this email or opening any attachments you should read the Manchester Metropolitan University email disclaimer available on its website<a href="http://www.mmu.ac.uk/emaildisclaimer" style="color: purple; text-decoration: underline; ">http://www.mmu.ac.uk/emaildisclaimer</a><span class="Apple-converted-space"> </span>" _______________________________________________<br>Ifeffit mailing list<br><a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov" style="color: purple; text-decoration: underline; ">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br><a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" style="color: purple; text-decoration: underline; ">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br></div></blockquote></div><br></div></body></html>