<div dir="ltr"><div><div><div>Dear Dr. Bruce,<br></div><br>Thank you for spending time on this problem.<br>I did realize that that the simple perovskite structure I created may be physically unreasonable which is why feff was crashing. I tried modifying the lattice parameter to see if at some point it would start working, but it didn't help.<br></div>I needed this particular simple perovskite structure as I am trying to analyze an A-site disordered perovskite Na0.5Bi0.5TiO3. Since 'atoms' does not allow us to input disordered structure (due to obvious reasons), I wanted to create two separate structure files namely: NaTiO3 and BiTiO3, and thus I encountered this problem.<br></div><div>However, I also found that the problem with NaTiO3 occurs only when the atomic coordinates are at the cubic positions. If I incorporate some distortion into the structure (say tetragonal or rhombohedral), then feff seems to be working fine.<br><br>With best regards,<br></div><div><div><div><div class="gmail_extra">Badari<br><br><br><br><br>Date: Fri, 03 Oct 2014 14:48:20 -0400<br>
From: Bruce Ravel <<a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a>><br>
To: XAFS Analysis using Ifeffit <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
Subject: Re: [Ifeffit] Trouble creating feff input file for NaTiO3<br>
        cubic perovskite structure<br>
Message-ID: <<a href="mailto:542EEF74.5000702@bnl.gov">542EEF74.5000702@bnl.gov</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=windows-1252; format=flowed<br>
<br>
<br>
Badari,<br>
<br>
In your original email you said "I am not able to create the feff<br>
input file using Na."  That is certainly not true.  Artemis is able to<br>
make the feff input file from your crystal data.<br>
<br>
Your problem appears to be that, when you then run feff, feff crashes.<br>
<br>
At the risk of sounding like a jerk, if you ask the wrong question,<br>
there's very little chance that I will give you the right answer.<br>
<br>
So, let's discuss the actual problem.<br>
<br>
The input data you provide fails (as identified in the "datoms.log"<br>
file that you should have attached in the first place) in a place in<br>
Feff where Feff is attempting to compute the muffin tin radii.<br>
<br>
I concur with your observation that Feff is able run to completion so<br>
long as the A site in your crystal data has a high enough Z number.<br>
In your case, that seems to be 12 (Mg).  Anything 11 or less results<br>
in that error.<br>
<br>
The error message from Feff is confusing.  I don't understand why that<br>
particular error message is issued given what's at line 90 of<br>
istprm.f.  I also don't understand that part of Feff well enough to<br>
know why a light element in the A site is causing a problem with the<br>
calculation of muffin tin radii.<br>
<br>
I've never seen this problem before, which is why Demeter is not smart<br>
enough to recognize it and offer a more useful error message.<br>
<br>
So, I don't actually have a solution for you.  Your crystal data with<br>
Na in the A site simply doesn't work with Feff.  Well done!  That's a<br>
very strange problem you've found.<br>
<br>
I did a brief search for minerals with Na, Ti, and O at<br>
<a href="http://crystallography.net" target="_blank">crystallography.net</a>.  It would seem that those three elements don't<br>
actually have a perovskite phase.  The nearest thing<br>
stoichiometrically is trigonal Na4Ti5O12.  Feff runs just fine on all<br>
the Ti sites in that material.  Given that, my conclusion is that your<br>
simple pervoskite is simply not close enough to a phsically reasonable<br>
assembly of those three atoms that Feff can find a suitable solution<br>
for the muffin tin radii.<br>
<br>
That is, Feff crashes (taking Demeter down with it) on that structure,<br>
but that structure seems to be unphysical anyway.<br>
<br>
Maybe not the most helpful of answers, but it's the best I can do.<br>
<br>
B<br>
<br>
<br>
On 10/01/2014 05:32 AM, Badari Rao wrote:<br>
> Dear Dr. Bruce,<br>
> I have attached the datoms.log file and the .inp file used. I am using<br>
> windows platform. I hope you can get to the root of the problem with this.<br>
><br>
> Regards,<br>
> Badari<br>
><br>
> On Tue, Sep 30, 2014 at 10:30 PM,<br>
> <<a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> <mailto:<a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a>>> wrote:<br>
><br>
>     Date: Tue, 30 Sep 2014 08:21:18 -0400<br>
>     From: Bruce Ravel <<a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a> <mailto:<a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a>>><br>
>     To: XAFS Analysis using Ifeffit <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>>><br>
>     Subject: Re: [Ifeffit] Trouble creating feff input file for NaTiO3<br>
>              cubic perovskite structure<br>
>     Message-ID: <<a href="mailto:542AA03E.8070701@bnl.gov">542AA03E.8070701@bnl.gov</a> <mailto:<a href="mailto:542AA03E.8070701@bnl.gov">542AA03E.8070701@bnl.gov</a>>><br>
>     Content-Type: text/plain; charset=windows-1252; format=flowed<br>
><br>
>     On 09/30/2014 05:45 AM, Badari Rao wrote:<br>
>      > Dear All,<br>
>      > When I try to feed the following data into the atoms input and<br>
>     run the<br>
>      > feff calculations, the software just automatically closes.<br>
>      > space group no: 221<br>
>      > a = b = c = 3.88; alpha = beta = gamma = 90;<br>
>      > atomic coordinates:<br>
>      > Na: 0.5, 0.5 , 0.5<br>
>      > Ti:   0,    0,    0<br>
>      > O:   0,    0,    0.5<br>
>      ><br>
>      > Core: Ti<br>
>      ><br>
>      > I don't think it is a bug because the calculation works perfectly<br>
>     when I<br>
>      > replace Na with heavier atoms like K, Mg etc. I would like to<br>
>     know why I<br>
>      > am not able to create the feff input file using Na.<br>
><br>
>     I cannot reproduce your problem using the information you've given.<br>
>     That structural data runs just fine and gives sensible output on both<br>
>     Windows and linux.<br>
><br>
>     When making a bug report, you should include the information discussed<br>
>     in <a href="http://bruceravel.github.io/demeter/pods/bugs.pod.html" target="_blank">http://bruceravel.github.io/demeter/pods/bugs.pod.html</a>.  Without the<br>
>     information in the error log and without an actionable recipe for<br>
>     replicating the problem, there is simply nothing that I can do to help.<br>
><br>
>     B<br>
><br>
><br>
>     --<br>
>        Bruce Ravel  ------------------------------<div id=":2og" class="">------ <a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a><br>
>     <mailto:<a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a>><br>
><br>
>        National Institute of Standards and Technology<br>
>        Synchrotron Science Group at NSLS --- Beamlines U7A, X24A, X23A2<br>
>        Building 535A<br>
>        Upton NY, 11973<br>
><br>
>        Homepage: <a href="http://bruceravel.github.io/home/" target="_blank">http://bruceravel.github.io/home/</a><br>
>        Software: <a href="https://github.com/bruceravel" target="_blank">https://github.com/bruceravel</a><br>
>        Demeter: <a href="http://bruceravel.github.io/demeter/" target="_blank">http://bruceravel.github.io/demeter/</a><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Badari Narayana. A. R.<br>
> Ph.D Student, Nanoscience and Nanotechnology,<br>
> c/o Prof Rajeev Ranjan,<br>
> Electroceramics Lab,<br>
> Department of Materials Engineering,<br>
> Indian Institute of Science.<br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Ifeffit mailing list<br>
> <a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
><br>
<br>
<br>
--<br>
  Bruce Ravel  ------------------------------------ <a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a><br>
<br>
  National Institute of Standards and Technology<br>
  Synchrotron Science Group at NSLS --- Beamlines U7A, X24A, X23A2<br>
  Building 535A<br>
  Upton NY, 11973<br>
<br>
  Homepage:    <a href="http://bruceravel.github.io/home/" target="_blank">http://bruceravel.github.io/home/</a><br>
  Software:    <a href="https://github.com/bruceravel" target="_blank">https://github.com/bruceravel</a><br>
  Demeter:     <a href="http://bruceravel.github.io/demeter/" target="_blank">http://bruceravel.github.io/demeter/</a><br>
<br>
<br>
------------------------------</div><br>-- <br>Badari Narayana. A. R.<br>Ph.D Student, Nanoscience and Nanotechnology,<br>c/o Prof Rajeev Ranjan,<br>Electroceramics Lab,<br>Department of Materials Engineering,<br>Indian Institute of Science.<br><br>
</div></div></div></div></div>