<span style>  </span><div><span style> I suppose the problem is about writing privilege on the folder Program</span><br style><span style>  files/Prestopronto.</span><br style><span style>  My script in Inno setup theoretically should change it, but evidently</span><br style>
<span style>  practically it doesn't work</span><br style><span style>  I'll solve it  in the next upgrade.</span><br style><span style>  At this time you should  change manually the writing privilege or install</span><br style>
<span style>  the program in a different directory.</span><br style><span style>  However, it is very difficult to understand what happen, and reproduce the</span><br style><span style>  error if the report is</span><span style>  "it doesn't work ", (actually I'm not sure at all of diagnosis)</span><br style>
<span style>  normally, all the codes gives clear instruction how to</span><br style><span style>  report  the error.</span><br style><span style>  Ciao</span><br style><span style>  Lello</span> <br><br><div class="gmail_quote">
On Mon, Apr 2, 2012 at 11:24 AM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Send Ifeffit mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of Ifeffit digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: Ifeffit Digest, Vol 110, Issue 1 (KONG Quingyu)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Mon, 2 Apr 2012 09:23:31 +0000<br>
From: KONG Quingyu <<a href="mailto:kong@synchrotron-soleil.fr">kong@synchrotron-soleil.fr</a>><br>
To: "<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>"<br>
        <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
Subject: Re: [Ifeffit] Ifeffit Digest, Vol 110, Issue 1<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:30F62EE734A9EA45A3F211513CB620033621987A@SUN-DAG2.synchrotron-soleil.fr">30F62EE734A9EA45A3F211513CB620033621987A@SUN-DAG2.synchrotron-soleil.fr</a>><br>
<br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
Thanks a lot Santiago, by the way, does the program need windows Vista or 7, I installed it in windows XP with different versions, b.0.7 or b.0.6, but it did not work.<br>
<br>
Best regards,<br>
Qingyu<br>
<br>
Beamline ODE<br>
Soci?t? civile Synchrotron SOLEIL<br>
L'Orme des Merisiers<br>
Saint-Aubin - BP 48<br>
91192 GIF-sur-YVETTE CEDEX<br>
Tel: <a href="tel:%2B33%20%280%291%2069%2035%2097%2084" value="+33169359784">+33 (0)1 69 35 97 84</a> (office)<br>
      <a href="tel:%2B33%20%280%291%2069%2035%2097%2016" value="+33169359716">+33 (0)1 69 35 97 16</a> (beamline)<br>
email: <a href="mailto:kong@synchrotron-soleil.fr">kong@synchrotron-soleil.fr</a><br>
<br>
________________________________________<br>
From: <a href="mailto:ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov</a> [<a href="mailto:ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov</a>] on behalf of <a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a> [<a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a>]<br>

Sent: Monday, April 02, 2012 9:09 AM<br>
To: <a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
Subject: Ifeffit Digest, Vol 110, Issue 1<br>
<br>
Send Ifeffit mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of Ifeffit digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Prestopronto links (Santiago Jos? Alejandro Figueroa)<br>
   2. Re: Prestopronto links (Matt Newville)<br>
   3. Re: Ifeffit Digest, Vol 109, Issue 24 (KONG Quingyu)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Sun, 1 Apr 2012 17:53:33 -0300 (BRT)<br>
From: Santiago Jos? Alejandro Figueroa  <<a href="mailto:figueroa@fisica.unlp.edu.ar">figueroa@fisica.unlp.edu.ar</a>><br>
To: <a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
Subject: [Ifeffit] Prestopronto links<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:37353.189.61.212.168.1333313613.squirrel@mail.fisica.unlp.edu.ar">37353.189.61.212.168.1333313613.squirrel@mail.fisica.unlp.edu.ar</a>><br>
Content-Type: text/plain;charset=iso-8859-1<br>
<br>
Hi<br>
<br>
I can add my two cent...(of REAIS)<br>
<br>
The web page of PRESTOPRONTO pointed out by Carmelo is:<br>
<br>
<a href="http://www.esrf.eu/computing/scientific/PRESTOPRONTO/Prestopronto.htm" target="_blank">http://www.esrf.eu/computing/scientific/PRESTOPRONTO/Prestopronto.htm</a><br>
<br>
or<br>
<br>
<a href="http://code.google.com/p/prestopronto/" target="_blank">http://code.google.com/p/prestopronto/</a><br>
<br>
We start to use here at the LNLS in the dispersive beamline with<br>
promissing results.<br>
<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
Santiago<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Sun, 1 Apr 2012 17:44:03 -0500<br>
From: Matt Newville <<a href="mailto:newville@cars.uchicago.edu">newville@cars.uchicago.edu</a>><br>
To: XAFS Analysis using Ifeffit <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
Subject: Re: [Ifeffit] Prestopronto links<br>
Message-ID:<br>
        <CA+7ESbr73fkgSeBCGTZN=5HXZe3P9jHCVgZ36-aCd1PD=<a href="mailto:8X8VQ@mail.gmail.com">8X8VQ@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>
<br>
Santago, Carmelo,<br>
<br>
2012/4/1 Santiago Jos? Alejandro Figueroa <<a href="mailto:figueroa@fisica.unlp.edu.ar">figueroa@fisica.unlp.edu.ar</a>>:<br>
> Hi<br>
><br>
> I can add my two cent...(of REAIS)<br>
><br>
> The web page of PRESTOPRONTO pointed out by Carmelo is:<br>
><br>
> <a href="http://www.esrf.eu/computing/scientific/PRESTOPRONTO/Prestopronto.htm" target="_blank">http://www.esrf.eu/computing/scientific/PRESTOPRONTO/Prestopronto.htm</a><br>
><br>
> or<br>
><br>
> <a href="http://code.google.com/p/prestopronto/" target="_blank">http://code.google.com/p/prestopronto/</a><br>
><br>
> We start to use here at the LNLS in the dispersive beamline with<br>
> promissing results.<br>
><br>
<br>
Looks great!  Thanks for the links!<br>
<br>
--Matt<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Mon, 2 Apr 2012 07:08:37 +0000<br>
From: KONG Quingyu <<a href="mailto:kong@synchrotron-soleil.fr">kong@synchrotron-soleil.fr</a>><br>
To: "<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>"<br>
        <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
Subject: Re: [Ifeffit] Ifeffit Digest, Vol 109, Issue 24<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:30F62EE734A9EA45A3F211513CB6200336217807@SUN-DAG2.synchrotron-soleil.fr">30F62EE734A9EA45A3F211513CB6200336217807@SUN-DAG2.synchrotron-soleil.fr</a>><br>
<br>
Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>
<br>
Thanks a lot Lello and Matt,<br>
<br>
Now, it is clear to us that we anyway need our own program to automatically treat the big data set.<br>
<br>
I tried XOP with XAID extension following your suggestions, it is nice to have the graphic operation, but for a big data set with thousands of spectra we need a program. Since we have already part of the program and hope we will finish it soon to a kind of platform for automatic data analysis.<br>

<br>
Regards,<br>
Qingyu<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-----Original Message-----<br>
From: <a href="mailto:ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov</a> [mailto:<a href="mailto:ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov</a>] On Behalf Of <a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>

Sent: Saturday, March 31, 2012 9:47 PM<br>
To: <a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
Subject: Ifeffit Digest, Vol 109, Issue 24<br>
<br>
Send Ifeffit mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific than "Re: Contents of Ifeffit digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: Ifeffit Digest, Vol 109, Issue 23 (Carmelo Prestipino)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Sat, 31 Mar 2012 21:47:19 +0200<br>
From: Carmelo Prestipino <<a href="mailto:carmelo.prestipino@univ-rennes1.fr">carmelo.prestipino@univ-rennes1.fr</a>><br>
To: <a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
Subject: Re: [Ifeffit] Ifeffit Digest, Vol 109, Issue 23<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAHPDQqzGdbkRaXri5raNG60oiT%2Bh1CPdgZVRHmWZ_CvVGML4ig@mail.gmail.com">CAHPDQqzGdbkRaXri5raNG60oiT+h1CPdgZVRHmWZ_CvVGML4ig@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
Hi<br>
if I can add my two cent...(of EURO)<br>
<br>
At the ESRF for this kind of studies some work has been done.<br>
<br>
There is the module XAID  of the code XOP wrote by Manuel Sanchez del Rio <a href="http://www.esrf.eu/computing/scientific/xop2.1/documentation.html" target="_blank">http://www.esrf.eu/computing/scientific/xop2.1/documentation.html</a><br>

It is written in IDL from scratch.<br>
It have normalization and linear combination fit features, it is fully graphically interfaced  and in terms of performances is quite impressive.<br>
However, the program has a complicate structure that could difficult at the first approach (but Manuel is very kind, don't hesitate  to contact him  ).<br>
<br>
Otherwise  there is the code PrestoPronto.<br>
<a href="http://code.google.com/p/*prestopronto*/" target="_blank">code.google.com/p/*prestopronto*/</a><br>
It is mainly a fully graphic python  wrapping of ifeffit for sequential analysis.<br>
In terms of speed is very similar to Athena but it do automatically the tricks of cleaning memory But it is still a very young code......<br>
It still has not any interface to linear combination analysis.<br>
We never tested for more than 1000.. spectra<br>
<br>
Probably Mark Newton  could give you some more suggestions Regards Lello<br>
<br>
<br>
On Sat, Mar 31, 2012 at 7:00 PM,<br>
<<a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a>>wrote:<br>
<br>
> Send Ifeffit mailing list submissions to<br>
>        <a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
><br>
> To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
>        <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
> or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
>        <a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
><br>
> You can reach the person managing the list at<br>
>        <a href="mailto:ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
><br>
> When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
> than "Re: Contents of Ifeffit digest..."<br>
><br>
><br>
> Today's Topics:<br>
><br>
>   1. Re: Ifeffit Digest, Vol 109, Issue 21 (KONG Quingyu)<br>
>   2. Re: Ifeffit Digest, Vol 109, Issue 21 (Matt Newville)<br>
><br>
><br>
> ----------------------------------------------------------------------<br>
><br>
> Message: 1<br>
> Date: Fri, 30 Mar 2012 18:32:49 +0000<br>
> From: KONG Quingyu <<a href="mailto:kong@synchrotron-soleil.fr">kong@synchrotron-soleil.fr</a>><br>
> To: "<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>"<br>
>        <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
> Subject: Re: [Ifeffit] Ifeffit Digest, Vol 109, Issue 21<br>
> Message-ID:<br>
>        <<br>
> 30F62EE734A9EA45A3F211513CB6200324BD1922@SUN-DAG1.synchrotron-soleil.f<br>
> r><br>
><br>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
><br>
> Thank you for all your helpful suggestions.<br>
><br>
> Actually, our beamline has recently installed a fast detector with a<br>
> repetation of 20KHz, which could collected data in a time resolution<br>
> of few tens of microsecond and could easily produce a large amount of<br>
> data. We have already accepted three users for microsecond time<br>
> resolved studies, each of them collected millions of spectra.<br>
><br>
> Together with the company that provide the detector and our software<br>
> engineer we started to write a Python program to treat the data from<br>
> November last year, however our engineer quitted recently, this make<br>
> us to look for other solutions.<br>
><br>
> If Demeter would works well for large amount of data treatment, it<br>
> would be great. As I know ID24 at ESRF has also installed the same<br>
> detector and would probably have similar demanding for such a program.<br>
><br>
> Probably due to the limited memory of my pc, I can only open around<br>
> 200 spectra simultanously with Athena.<br>
><br>
> Best,<br>
> Qingyu Kong<br>
><br>
><br>
> Beamline ODE<br>
> Soci?t? civile Synchrotron SOLEIL<br>
> L'Orme des Merisiers<br>
> Saint-Aubin - BP 48<br>
> 91192 GIF-sur-YVETTE CEDEX<br>
> Tel: <a href="tel:%2B33%20%280%291%2069%2035%2097%2084" value="+33169359784">+33 (0)1 69 35 97 84</a> (office)<br>
>      <a href="tel:%2B33%20%280%291%2069%2035%2097%2016" value="+33169359716">+33 (0)1 69 35 97 16</a> (beamline)<br>
> email: <a href="mailto:kong@synchrotron-soleil.fr">kong@synchrotron-soleil.fr</a><br>
><br>
> ________________________________________<br>
> From: <a href="mailto:ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov</a> [<br>
> <a href="mailto:ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov</a>] on behalf of<br>
> <a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a> [<br>
> <a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a>]<br>
> Sent: Friday, March 30, 2012 3:29 PM<br>
> To: <a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> Subject: Ifeffit Digest, Vol 109, Issue 21<br>
><br>
> Send Ifeffit mailing list submissions to<br>
>        <a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
><br>
> To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
>        <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
> or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
>        <a href="mailto:ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
><br>
> You can reach the person managing the list at<br>
>        <a href="mailto:ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
><br>
> When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
> than "Re: Contents of Ifeffit digest..."<br>
><br>
><br>
> Today's Topics:<br>
><br>
>   1. delr and ss parameterization (Ebrahim Rezaei)<br>
>   2. program (KONG Quingyu)<br>
>   3. Re: program (Carlo Segre)<br>
>   4. Re: program (Matt Newville)<br>
>   5. Re: delr and ss parameterization (Bruce Ravel)<br>
>   6. Re: program (Bruce Ravel)<br>
><br>
><br>
> ----------------------------------------------------------------------<br>
><br>
> Message: 1<br>
> Date: Thu, 29 Mar 2012 21:57:21 -0700 (PDT)<br>
> From: Ebrahim Rezaei <<a href="mailto:e_rezaei24@yahoo.com">e_rezaei24@yahoo.com</a>><br>
> To: <a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> Subject: [Ifeffit] delr and ss parameterization<br>
> Message-ID:<br>
><br>
> <<a href="mailto:1333083441.66190.YahooMailClassic@web120501.mail.ne1.yahoo.com">1333083441.66190.YahooMailClassic@web120501.mail.ne1.yahoo.com</a>><br>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
><br>
> Hi everyone,<br>
><br>
><br>
> I am working with bulk and nano structures of MnO, MnO2 and Mn2O3. I<br>
> have two questions regarding how to parameterize delr and ss in<br>
> Artemis.<br>
><br>
><br>
> It is recommended to<br>
> use either delr=alfa*Reff or relate it to unit cell structure. Can<br>
> anybody tell me how to do the second approach?<br>
><br>
><br>
> Also is that a good idea to let all ss to float? Or it should be<br>
> constrained based on type and distance of atoms? I have seen an<br>
> example about ZnO just letting the first two shell?s ss to float and<br>
> let the rest to be the same. I would appreciate it very much if<br>
> anybody could help me with this too.<br>
><br>
><br>
> Regards,<br>
><br>
><br>
> Ebrahim Rezaei<br>
><br>
> PhD Candidate, Chem. Eng. Dep., University of Saskatchewan<br>
><br>
> Saskatoon, SK, Canada<br>
> -------------- next part -------------- An HTML attachment was<br>
> scrubbed...<br>
> URL: <<br>
> <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/2012032" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/2012032</a><br>
> 9/e13d64a5/attachment-0001.htm<br>
> ><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> Message: 2<br>
> Date: Fri, 30 Mar 2012 06:46:38 +0000<br>
> From: KONG Quingyu <<a href="mailto:kong@synchrotron-soleil.fr">kong@synchrotron-soleil.fr</a>><br>
> To: "<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>"<br>
>        <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
> Subject: [Ifeffit] program<br>
> Message-ID:<br>
>        <<br>
> 30F62EE734A9EA45A3F211513CB6200324BD1794@SUN-DAG1.synchrotron-soleil.f<br>
> r><br>
><br>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
><br>
> We recently collected 3000 EXAFS spectra to follow a chemical reaction<br>
> process, we would like to fit the experimental data with reference<br>
> spectra using linear combination fitting. Does anyone know there are<br>
> available or commercial program to normalize the data and make linear<br>
> combination fitting. We tried to do it with Athena manually, but 3000<br>
> spectra take a long time for us and it is not a practical way.<br>
><br>
> Thanks a lot.<br>
><br>
> Qingyu Kong<br>
><br>
> Beamline ODE<br>
> Soci?t? civile Synchrotron SOLEIL<br>
> L'Orme des Merisiers<br>
> Saint-Aubin - BP 48<br>
> 91192 GIF-sur-YVETTE CEDEX<br>
> Tel: <a href="tel:%2B33%20%280%291%2069%2035%2097%2084" value="+33169359784">+33 (0)1 69 35 97 84</a> (office)<br>
>      <a href="tel:%2B33%20%280%291%2069%2035%2097%2016" value="+33169359716">+33 (0)1 69 35 97 16</a> (beamline)<br>
> email: <a href="mailto:kong@synchrotron-soleil.fr">kong@synchrotron-soleil.fr</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> Message: 3<br>
> Date: Fri, 30 Mar 2012 01:56:57 -0500 (CDT)<br>
> From: Carlo Segre <<a href="mailto:segre@iit.edu">segre@iit.edu</a>><br>
> To: XAFS Analysis using Ifeffit <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
> Subject: Re: [Ifeffit] program<br>
> Message-ID: <<a href="mailto:alpine.DEB.2.02.1203300154590.5339@hydride.phys.iit.edu">alpine.DEB.2.02.1203300154590.5339@hydride.phys.iit.edu</a>><br>
> Content-Type: TEXT/PLAIN; charset=US-ASCII; format=flowed<br>
><br>
><br>
> Hi Qingyu<br>
><br>
> On Fri, 30 Mar 2012, KONG Quingyu wrote:<br>
><br>
> > We recently collected 3000 EXAFS spectra to follow a chemical<br>
> > reaction process, we would like to fit the experimental data with<br>
> > reference spectra using linear combination fitting. Does anyone know<br>
> > there are available or commercial program to normalize the data and<br>
> > make linear combination fitting. We tried to do it with Athena<br>
> > manually, but 3000 spectra take a long time for us and it is not a practical way.<br>
><br>
> You might wish to look into Bruce Ravel's new suite of programs<br>
> (called Demeter).  I believe they are built to allow easy scripting of<br>
> massive quantities of data such as yours.<br>
><br>
> Carlo<br>
><br>
><br>
> --<br>
> Carlo U. Segre -- Duchossois Leadership Professor of Physics Associate<br>
> Dean for Graduate Admissions, Graduate College Illinois Institute of<br>
> Technology<br>
> Voice: <a href="tel:312.567.3498" value="+13125673498">312.567.3498</a>            Fax: <a href="tel:312.567.3494" value="+13125673494">312.567.3494</a><br>
> <a href="mailto:segre@iit.edu">segre@iit.edu</a>   <a href="http://phys.iit.edu/~segre" target="_blank">http://phys.iit.edu/~segre</a>   <a href="mailto:segre@debian.org">segre@debian.org</a><br>
><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> Message: 4<br>
> Date: Fri, 30 Mar 2012 07:56:05 -0500<br>
> From: Matt Newville <<a href="mailto:newville@cars.uchicago.edu">newville@cars.uchicago.edu</a>><br>
> To: XAFS Analysis using Ifeffit <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
> Subject: Re: [Ifeffit] program<br>
> Message-ID:<br>
><br>
> <<a href="mailto:CA%2B7ESbrjp46_kPw9F803MQOGdMRtFbDa-7oGem25%2BCL2bYznJg@mail.gmail.com">CA+7ESbrjp46_kPw9F803MQOGdMRtFbDa-7oGem25+CL2bYznJg@mail.gmail.com</a><br>
> ><br>
> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>
><br>
> Hi Qingyu,<br>
><br>
> On Fri, Mar 30, 2012 at 1:46 AM, KONG Quingyu<br>
> <<a href="mailto:kong@synchrotron-soleil.fr">kong@synchrotron-soleil.fr</a>> wrote:<br>
> > We recently collected 3000 EXAFS spectra to follow a chemical<br>
> > reaction<br>
> process, we would like to fit the experimental data with reference<br>
> spectra using linear combination fitting. Does anyone know there are<br>
> available or commercial program to normalize the data and make linear<br>
> combination fitting. We tried to do it with Athena manually, but 3000<br>
> spectra take a long time for us and it is not a practical way.<br>
><br>
> Ifeffit is designed to be scriptable for batch processing.   This can<br>
> be done with a raw Ifeffit script (which isn't very flexible) or from<br>
> Perl or Python, which are more flexible.   Carlo mentioned Demeter,<br>
> which is a high-level Perl wrapping of the lower-level functionality.<br>
>   Working with 3000 spectra may be challenging with Ifeffit version<br>
> 1.2, as the total amount of available memory is limited, but with some<br>
> care it should be possible.<br>
><br>
> FWIW, the next version of Ifeffit will eliminate this memory<br>
> limitation, and make both scripting and extending the functionality<br>
> much easier and better.  This is still a work in progress (see<br>
> <a href="https://github.com/xraypy/xraylarch" target="_blank">https://github.com/xraypy/xraylarch</a>) and poorly documented, but the<br>
> essential idea is to write all of Ifeffit's functionality in Python,<br>
> for all the reasons just stated, and this far enough along that I am<br>
> confident it will be a big improvement.   So far (for XAFS), this can<br>
> read data, do simple pre-edge subtraction, normalization, remove<br>
> backgrounds ala autobk, and do XAFS Fourier transforms.   It can do<br>
> simple "general purpose fitting", but does not yet expose a<br>
> simple-to-use linear combination fitting functionality (shouldn't be<br>
> too hard, as all the linear algebra pieces are readily available) or<br>
> fitting spectra to Feff calculations (a bit more involved).   Work is<br>
> slow (mostly due to other obligations),  but progress is being made,<br>
> and it's close to ready for an initial release.   If you are (or<br>
> anyone else is) interested in trying this or helping out, let me know.<br>
><br>
> --Matt<br>
><br>
><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> Message: 5<br>
> Date: Fri, 30 Mar 2012 09:13:11 -0400<br>
> From: Bruce Ravel <<a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a>><br>
> To: XAFS Analysis using Ifeffit <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
> Subject: Re: [Ifeffit] delr and ss parameterization<br>
> Message-ID: <<a href="mailto:201203300913.12166.bravel@bnl.gov">201203300913.12166.bravel@bnl.gov</a>><br>
> Content-Type: Text/Plain;  charset="utf-8"<br>
><br>
> On Friday, March 30, 2012 12:57:21 am Ebrahim Rezaei wrote:<br>
> > I am working with bulk and nano structures of MnO, MnO2 and Mn2O3. I<br>
> > have two questions regarding how to parameterize delr and ss in<br>
> > Artemis.<br>
> ><br>
> ><br>
> > It is recommended to<br>
> > use either delr=alfa*Reff or relate it to unit cell structure. Can<br>
> anybody<br>
> > tell me how to do the second approach?<br>
> ><br>
> ><br>
> > Also is that a good idea to let all ss to float? Or it should be<br>
> > constrained based on type and distance of atoms? I have seen an<br>
> example<br>
> > about ZnO just letting the first two shell?s ss to float and let the<br>
> > rest to be the same. I would appreciate it very much if anybody<br>
> > could help me with this too.<br>
><br>
> The alpha*reff trick is only strictly valid for cubic, monoatomic<br>
> materials.  For everything else in the world, it is an increasingly<br>
> poor approximation.  That's not to say it is not a helpful<br>
> parameterization, just that you need to be mindful of its limitations.<br>
><br>
> As for the sigma^2 parameter, you have to balance when is physically<br>
> reasonable with what can be reliably extracted from a real data<br>
> analysis.<br>
><br>
>  - Two atoms of a different species at the same distance should have<br>
>    different sigma^2 because they have different masses.<br>
><br>
>  - Two atoms of the same species at different distances should have<br>
>    different sigma^2 because sigma^2 is a mean square deviation in<br>
>    distance.<br>
><br>
> So, in some sense, all scatterers might have their own sigma^2<br>
> parameters.  But that is not to say that you data are sufficient to<br>
> independently determine that many parameters.  When you run up against<br>
> the limited information content of your data, that is when you start<br>
> making approximations of the sort that lead to setting sigma^2<br>
> parameters for different scatterers to be the same.<br>
><br>
> However, there are sensible and physically justifiable reasons why the<br>
> sigma^2 for certain multiple scattering paths should be related to<br>
> those of single scattering paths.  See<br>
> <a href="http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevB.54.156" target="_blank">http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevB.54.156</a><br>
><br>
> Two of my favorite papers that show excellent data analysis solving<br>
> real-world problems and which are written in a way that is of<br>
> pedagogical value for XAS beginners are Scott Calvin's paper on doped<br>
> ferrites (<a href="http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevB.66.224405" target="_blank">http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevB.66.224405</a>) and Shelly<br>
> Kelly's paper on uranyl binding to biomass<br>
> (<a href="http://dx.doi.org/10.1016/S0016-7037(02)00947-X" target="_blank">http://dx.doi.org/10.1016/S0016-7037(02)00947-X</a>).  For more<br>
> interesting papers, look through the archives of the mailing list and<br>
> see who gives good answers to questions, then look up their papers.<br>
><br>
> Another extremely useful resource which includes extensive discussion<br>
> of the sorts of things you are asking about is Shelly's review<br>
> chapter.  Here's the amazon link to that book:<br>
><br>
> <a href="http://www.amazon.com/Methods-Soil-Analysis-Part-Mineralogical/dp/0891" target="_blank">http://www.amazon.com/Methods-Soil-Analysis-Part-Mineralogical/dp/0891</a><br>
> 188460/ The book is a bit pricy, but if you are a clever googler, you<br>
> may find a PDF copy of her chapter.<br>
><br>
> Regards,<br>
> B<br>
><br>
><br>
> --<br>
><br>
>  Bruce Ravel  ------------------------------------ <a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a><br>
><br>
>  National Institute of Standards and Technology  Synchrotron Methods<br>
> Group at NSLS --- Beamlines U7A, X24A, X23A2  Building 535A  Upton NY,<br>
> 11973<br>
><br>
>  My homepage:    <a href="http://xafs.org/BruceRavel" target="_blank">http://xafs.org/BruceRavel</a><br>
>  EXAFS software: <a href="http://cars9.uchicago.edu/ifeffit/Demeter" target="_blank">http://cars9.uchicago.edu/ifeffit/Demeter</a><br>
><br>
><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> Message: 6<br>
> Date: Fri, 30 Mar 2012 09:29:10 -0400<br>
> From: Bruce Ravel <<a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a>><br>
> To: XAFS Analysis using Ifeffit <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
> Subject: Re: [Ifeffit] program<br>
> Message-ID: <<a href="mailto:201203300929.11143.bravel@bnl.gov">201203300929.11143.bravel@bnl.gov</a>><br>
> Content-Type: Text/Plain;  charset="iso-8859-1"<br>
><br>
> On Friday, March 30, 2012 02:46:38 am KONG Quingyu wrote:<br>
> > We recently collected 3000 EXAFS spectra to follow a chemical<br>
> > reaction process, we would like to fit the experimental data with<br>
> > reference<br>
> spectra<br>
> > using linear combination fitting. Does anyone know there are<br>
> > available or commercial program to normalize the data and make<br>
> > linear combination fitting. We tried to do it with Athena manually,<br>
> > but 3000 spectra take a long time for us and it is not a practical way.<br>
><br>
> Hi Qingyu,<br>
><br>
> Carlo is correct, Demeter could be used to write a special purpose<br>
> program for automating this sort of thing.  The performance in terms<br>
> of speed may not be exactly what you want, but the performance in<br>
> terms of quickly prototyping a program to process and analyze a large<br>
> data volume is excellent.<br>
><br>
> The Demeter code base comes with extensive (although still incomplete)<br>
> documentation as well as plenty of example scripts, including examples<br>
> for the individual chores you mention above.<br>
><br>
> Here's Demeter's documentation: <a href="http://bruceravel.github.com/demeter/" target="_blank">http://bruceravel.github.com/demeter/</a><br>
><br>
><br>
> As a closing comment, isn't it somehow strange that you and your<br>
> colleagues went to all the trouble of building a fancy dispersive<br>
> beamline without thinking ahead about how you were going to analyze<br>
> your data?<br>
><br>
> B<br>
><br>
><br>
> --<br>
><br>
>  Bruce Ravel  ------------------------------------ <a href="mailto:bravel@bnl.gov">bravel@bnl.gov</a><br>
><br>
>  National Institute of Standards and Technology  Synchrotron Methods<br>
> Group at NSLS --- Beamlines U7A, X24A, X23A2  Building 535A  Upton NY,<br>
> 11973<br>
><br>
>  My homepage:    <a href="http://xafs.org/BruceRavel" target="_blank">http://xafs.org/BruceRavel</a><br>
>  EXAFS software: <a href="http://cars9.uchicago.edu/ifeffit/Demeter" target="_blank">http://cars9.uchicago.edu/ifeffit/Demeter</a><br>
><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Ifeffit mailing list<br>
> <a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
><br>
><br>
> End of Ifeffit Digest, Vol 109, Issue 21<br>
> ****************************************<br>
><br>
><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> Message: 2<br>
> Date: Fri, 30 Mar 2012 16:36:58 -0500<br>
> From: Matt Newville <<a href="mailto:newville@cars.uchicago.edu">newville@cars.uchicago.edu</a>><br>
> To: XAFS Analysis using Ifeffit <<a href="mailto:ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>><br>
> Subject: Re: [Ifeffit] Ifeffit Digest, Vol 109, Issue 21<br>
> Message-ID:<br>
><br>
> <<a href="mailto:CA%2B7ESbrZir3zMWAKSx5HPpqjJ5H_qC-V0YAsnCXUzDO512q%2BaA@mail.gmail.com">CA+7ESbrZir3zMWAKSx5HPpqjJ5H_qC-V0YAsnCXUzDO512q+aA@mail.gmail.com</a><br>
> ><br>
> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>
><br>
> Hi Qingyu,<br>
><br>
> On Fri, Mar 30, 2012 at 1:32 PM, KONG Quingyu<br>
> <<a href="mailto:kong@synchrotron-soleil.fr">kong@synchrotron-soleil.fr</a>> wrote:<br>
> > Thank you for all your helpful suggestions.<br>
> ><br>
> > Actually, our beamline has recently installed a fast detector with a<br>
> > repetation of 20KHz, which could collected data in a time resolution<br>
> > of few tens of microsecond and could easily produce a large amount<br>
> > of data. We have already accepted three users for microsecond time<br>
> > resolved studies, each of them collected millions of spectra.<br>
> ><br>
> > Together with the company that provide the detector and our software<br>
> > engineer we started to write a Python program to treat the data from<br>
> > November last year, however our engineer quitted recently, this make<br>
> > us to look for other solutions.<br>
><br>
> Bruce wrote earlier,<br>
><br>
>   As a closing comment, isn't it somehow strange that you and your<br>
>   colleagues went to all the trouble of building a fancy dispersive<br>
>   beamline without thinking ahead about how you were going to analyze<br>
>   your data?<br>
><br>
> Sadly, Bruce's observation is not unusual at all.  Everyone is<br>
> experiencing data overloads, and almost no one is investing in<br>
> computing resources.  Yours may be slightly larger than most XAFS<br>
> users, but only by one or two orders of magnitude.  Then again, you<br>
> had a software engineer at your beamline at least for a while.<br>
><br>
> To be clear, Ifeffit, Athena, Demeter, Sixpack, and so on are written<br>
> primarily by beamline scientists like yourself.  Your choices are to<br>
> use what someone else gives you, write your own, or hire someone to do<br>
> it for you. It appears that the last choice rarely works very well.<br>
> That you get to use Bruce's codes at all (and for free!) is not an<br>
> accident: it is part of the design, and an outcome of the programs<br>
> being written by beamline scientists.<br>
><br>
> The current software base is more than ten years old, and showing its<br>
> age especially with respect to large data sets and multiple<br>
> processors.    This is a really good opportunity for you and your<br>
> colleagues (and others in similar situations) to join in.  That is,<br>
> you should write code to deal with your fast data rates.  If you write<br>
> that with the Ifeffit family of programs, not only will people at ESRF<br>
> be able to use it, but so will anyone else.<br>
><br>
> > If Demeter would works well for large amount of data treatment, it<br>
> > would be great. As I know ID24 at ESRF has also installed the same<br>
> > detector and would probably have similar demanding for such a program.<br>
><br>
> Looking into Demeter is one option, though I don't know exactly that<br>
> is perfect for the linear combination analysis you want to use.  Most<br>
> of the core algorithms in Demeter still use Ifeffit 1.2, which are<br>
> going to be limited for your needs, though they can be worked around<br>
> if careful.   Transferring Demeter to use the newer Ifeffit2 should be<br>
> possible, but neither Bruce or I have done more than<br>
> proof-of-principle tests.     Looking into using Larch / IFeffit2<br>
> might be better for you, and I'd be happy to help you do that.  For<br>
> one thing, this approach has no memory limitations beyond your<br>
> machine, is in Python and can read HDF5 files (which SOLEIL uses, as<br>
> far as I understand) directly.   It also has the possibility of using<br>
> multicore machines well, but this has not yet been automated.   It is<br>
> also possible that the linear algebra techniques used for x-ray<br>
> fluorescence map analysis, including code from Gerd Wellenreuther and<br>
> Armando Sole would be useful for your needs.<br>
><br>
> > Probably due to the limited memory of my pc, I can only open around<br>
> > 200 spectra simultanously with Athena.<br>
><br>
> You almost certainly want to not use Athena here anyway.   You want<br>
> automated processing programs.<br>
><br>
> Like Bruce hinted at, you've invested heavily in a detector that<br>
> allows you to collect data at a rate orders of magnitude faster than<br>
> you could before.  It would have been incredibly naive to believe that<br>
> decade-old software would have been able to keep up with that.   This<br>
> is a good opportunity for you to help out yourself and others.<br>
><br>
> Cheers,<br>
><br>
> --Matt<br>
><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Ifeffit mailing list<br>
> <a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
> <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
><br>
><br>
> End of Ifeffit Digest, Vol 109, Issue 23<br>
> ****************************************<br>
><br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Carmelo Prestipino<br>
Sciences Chimiques de Rennes UMR 6226<br>
Solid State and Materials Chemistry group (CSM) Campus de Beaulieu, B?t 10B, bureau 122<br>
F-35042 RENNES<br>
France<br>
Tel: <a href="tel:%28%2B33%29%2022323%206531" value="+33223236531">(+33) 22323 6531</a><br>
FAX: <a href="tel:%28%2B33%29%2022323%205959" value="+33223235959">(+33) 22323 5959</a><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20120331/cf3e2037/attachment.htm" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20120331/cf3e2037/attachment.htm</a>><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Ifeffit mailing list<br>
<a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
<br>
<br>
End of Ifeffit Digest, Vol 109, Issue 24<br>
****************************************<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Ifeffit mailing list<br>
<a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
<br>
<br>
End of Ifeffit Digest, Vol 110, Issue 1<br>
***************************************<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Ifeffit mailing list<br>
<a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
<a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit" target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
<br>
<br>
End of Ifeffit Digest, Vol 110, Issue 2<br>
***************************************<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Carmelo Prestipino<br>Sciences Chimiques de Rennes UMR 6226<br>Solid State and Materials Chemistry group (CSM)<br>Campus de Beaulieu, Bāt 10B, bureau 122<br>F-35042 RENNES<br>
France<br>Tel: (+33) 22323 6531<br>FAX: (+33) 22323 5959<br>
</div>