<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
    <title></title>
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Brandon,<br>
    that was a reason why I wanted to clarify which parameters you use.<br>
    E0 (as a Fermi level) in Athena can be taken (but do not must) as a
    valence state of measured ion for K edges, whereas in Artemis delE0
    can correspond to the potential of the one of nearest atoms to the
    measured one. If you talk about Artemis and calculations, would be
    also helpful to know the version of feff. It is known that for
    version up to 6. can be problem with fitting values of Enot. And of
    course Matt answered you more clearly...<br>
    The difference of 0.5eV between spectra of reference sample can be
    simply related with the energy resolution of the beam (beamline). <br>
    <br>
    Maybe this will helps you more:<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://cars9.uchicago.edu/pipermail/ifeffit/2004-June/005607.html">http://cars9.uchicago.edu/pipermail/ifeffit/2004-June/005607.html</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://cars9.uchicago.edu/pipermail/ifeffit/2006-February/006811.html">http://cars9.uchicago.edu/pipermail/ifeffit/2006-February/006811.html</a><br>
    <br>
    kicaj<br>
    <br>
    W dniu 11-06-07 00:46, Brandon Reese pisze:
    <blockquote
      cite="mid:BANLkTi=FUB7niVQ4hiiJS9uC5RpKuMLMwA@mail.gmail.com"
      type="cite">Kicaj and Matt, <br>
      <br>
      Thanks for the replies. It is certainly reasonable to ask about
      the experimental setup, that seems like a good first place to look
      for oddities. Sorry about using E0 in two different contexts
      (Athena and Artemis).  I'll switch to using E0 for the chosen
      parameter in Athena's background subtraction and Enot for the
      guess parameter in Artemis.<br>
      <br>
      I aligned the scans in Athena using the reference foil absorption
      edge. I ended up shifting the scans in energy by ~1 eV or less
      based on the reference foil. I then set the E0 parameter in Athena
      to the peak of the first derivative. This value varied by about
      0.5 eV (or less) between the different samples. This is what I
      considered when I made the statement about not seeing the
      oxidation change in the XANES. There is a shift of about 4 eV
      compared to the reference foil, which I would expect because I am
      looking at oxides.<br>
      <br>
      I then extracted the chi(k) into Artemis, and used the same Feff
      calculations/paths for each sample. In the Artemis fits I am
      seeing Enot shifts of 1-2 eV, which is a fair bit larger than the
      error bars. If I chose E0 at peak of the first derivative the Enot
      came out to be ~7 eV. Since this seemed a little on the big side,
      I also tried setting E0 to be the top of the white line, in that
      case Enot came out to be ~1 eV. The Enot shift between samples was
      about the same either way. Could an argument be made that there is
      a small shift in the overall oxidation state of the films,
      possibly contributing to the changes in the conductivity changes
      in the films? Does anyone have any references about using Enot
      shifts in this way?<br>
      <br>
      Scott - The amplitudes of the XANES features are very close. in
      the normalized spectrum the difference practically 0, and in the
      derivative the amplitudes are ~5% off.  There is bit larger of a
      difference in amplitude between the samples (in fluorescence) and
      a pure In2O3 powder (in transmission) of ~10% in the first
      derivative. The samples are sputtered from oxide sources, so the
      presence of metallic In should be pretty small. I am interested
      about your comment on the relative sizes of the first derivative
      peaks. Comparing my samples to the foil the oxide peak amplitude
      is bigger than the metal peak by 10% or so. Could this be due to
      the differences between fluorescence and transmission or not
      optimizing the experiment to measure the foil?  Or could it be due
      to something else more heinous? <br>
      <br>
      I noticed on individual fits that the dR for the first shell came
      out nearly the same (2.162 +/- .007 vs. 2.164) on the two samples,
      while the Enot's had the 1-2 eV shift between the samples. I tried
      to fit the two types of samples simultaneously while constraining
      the dR's (and a few 2nd shell parameters) to be equal to each
      other and letting the Enot's float. The relative Enot values came
      out close to what they were before. If I let dR values fit
      independantly, there was no real change present. In other words
      the multiple data set fit just made my EB's a bit smaller, but the
      relative shifts stayed about the same.<br>
      <br>
      Would there be some reasonable way in a multi-data set fit to
      constrain the Enot's? <br>
      <br>
      Brandon<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Mon, Jun 6, 2011 at 9:04 AM, Matt
        Newville <span dir="ltr"><<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:newville@cars.uchicago.edu" target="_blank">newville@cars.uchicago.edu</a>></span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">HI Brandon,<br>
          <br>
          If I understand right (and to echo Darius's questions), it
          seems like<br>
          you measure samples with a metal reference, and aligned the
          spectra in<br>
          Athena so that the references matched.  That's a fine way to
          go.   I<br>
          would ask: how big were the needed energy shifts?<br>
          Are the experimental mu(E) spectra aligned well at this point?
            If<br>
          you're studying metal oxides with different oxygen content,
          you might<br>
          very well see oxidation in the XANES.   If I understand
          correctly,<br>
          you're saying you don't see this.<br>
          <br>
          Then, you extracted the chi(k) from the aligned spectra.  How
          much did<br>
          E0 vary for the shifted spectra in this background-subtraction
          step?<br>
          <br>
          Then, you pulled these chi(k) into Artemis, and see different
          E0<br>
          shifts in the fits.  This E0 is a little different, in that it
          is the<br>
          E0 shift applied to the Feff calculation to match the
          experimental<br>
          spectra.  If you use different paths or different
          calculations, such<br>
          E0 shifts might happen, and wouldn't be highly meaningful.<br>
          <br>
          I know that's not a complete answer, but hopefully that and
          Darius's<br>
          questions will help,<br>
          <br>
          --Matt<br>
          <br>
          PS on  Q2: 1/ (kR)^2 vs 1 / kR^2<br>
          <br>
          This is probably either a typo, or a different convention
          based on the<br>
          definition of f(k) as the electron scattering amplitude.   In
          the Feff<br>
          world, it should be 1/kR^2, but using 1/(kR)^2 would just map
          f(k) to<br>
          k*f(k).<br>
          <div>
            <div>_______________________________________________<br>
              Ifeffit mailing list<br>
              <a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov"
                target="_blank">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>
              <a moz-do-not-send="true"
                href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit"
                target="_blank">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
Ifeffit mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>