<p>I'm curious about what the fixed edge energy is and how that compares. If you calculate E0-Enot (or maybe plus, I can't check right now), how similar are the results in the two cases?</p>
<p>Andy Korinda<br>
Notestein Lab<br>
Chemical Engineering<br>
Northwestern University</p>
<div class="gmail_quote">On Jun 6, 2011 6:47 PM, "Brandon Reese" <<a href="mailto:bjreese@gmail.com">bjreese@gmail.com</a>> wrote:<br type="attribution">> Kicaj and Matt,<br>> <br>> Thanks for the replies. It is certainly reasonable to ask about the<br>
> experimental setup, that seems like a good first place to look for oddities.<br>> Sorry about using E0 in two different contexts (Athena and Artemis).  I'll<br>> switch to using E0 for the chosen parameter in Athena's background<br>
> subtraction and Enot for the guess parameter in Artemis.<br>> <br>> I aligned the scans in Athena using the reference foil absorption edge. I<br>> ended up shifting the scans in energy by ~1 eV or less based on the<br>
> reference foil. I then set the E0 parameter in Athena to the peak of the<br>> first derivative. This value varied by about 0.5 eV (or less) between the<br>> different samples. This is what I considered when I made the statement about<br>
> not seeing the oxidation change in the XANES. There is a shift of about 4 eV<br>> compared to the reference foil, which I would expect because I am looking at<br>> oxides.<br>> <br>> I then extracted the chi(k) into Artemis, and used the same Feff<br>
> calculations/paths for each sample. In the Artemis fits I am seeing Enot<br>> shifts of 1-2 eV, which is a fair bit larger than the error bars. If I chose<br>> E0 at peak of the first derivative the Enot came out to be ~7 eV. Since this<br>
> seemed a little on the big side, I also tried setting E0 to be the top of<br>> the white line, in that case Enot came out to be ~1 eV. The Enot shift<br>> between samples was about the same either way. Could an argument be made<br>
> that there is a small shift in the overall oxidation state of the films,<br>> possibly contributing to the changes in the conductivity changes in the<br>> films? Does anyone have any references about using Enot shifts in this way?<br>
> <br>> Scott - The amplitudes of the XANES features are very close. in the<br>> normalized spectrum the difference practically 0, and in the derivative the<br>> amplitudes are ~5% off.  There is bit larger of a difference in amplitude<br>
> between the samples (in fluorescence) and a pure In2O3 powder (in<br>> transmission) of ~10% in the first derivative. The samples are sputtered<br>> from oxide sources, so the presence of metallic In should be pretty small. I<br>
> am interested about your comment on the relative sizes of the first<br>> derivative peaks. Comparing my samples to the foil the oxide peak amplitude<br>> is bigger than the metal peak by 10% or so. Could this be due to the<br>
> differences between fluorescence and transmission or not optimizing the<br>> experiment to measure the foil?  Or could it be due to something else more<br>> heinous?<br>> <br>> I noticed on individual fits that the dR for the first shell came out nearly<br>
> the same (2.162 +/- .007 vs. 2.164) on the two samples, while the Enot's had<br>> the 1-2 eV shift between the samples. I tried to fit the two types of<br>> samples simultaneously while constraining the dR's (and a few 2nd shell<br>
> parameters) to be equal to each other and letting the Enot's float. The<br>> relative Enot values came out close to what they were before. If I let dR<br>> values fit independantly, there was no real change present. In other words<br>
> the multiple data set fit just made my EB's a bit smaller, but the relative<br>> shifts stayed about the same.<br>> <br>> Would there be some reasonable way in a multi-data set fit to constrain the<br>> Enot's?<br>
> <br>> Brandon<br>> <br>> On Mon, Jun 6, 2011 at 9:04 AM, Matt Newville <<a href="mailto:newville@cars.uchicago.edu">newville@cars.uchicago.edu</a>>wrote:<br>> <br>>> HI Brandon,<br>>><br>
>> If I understand right (and to echo Darius's questions), it seems like<br>>> you measure samples with a metal reference, and aligned the spectra in<br>>> Athena so that the references matched.  That's a fine way to go.   I<br>
>> would ask: how big were the needed energy shifts?<br>>> Are the experimental mu(E) spectra aligned well at this point?   If<br>>> you're studying metal oxides with different oxygen content, you might<br>
>> very well see oxidation in the XANES.   If I understand correctly,<br>>> you're saying you don't see this.<br>>><br>>> Then, you extracted the chi(k) from the aligned spectra.  How much did<br>
>> E0 vary for the shifted spectra in this background-subtraction step?<br>>><br>>> Then, you pulled these chi(k) into Artemis, and see different E0<br>>> shifts in the fits.  This E0 is a little different, in that it is the<br>
>> E0 shift applied to the Feff calculation to match the experimental<br>>> spectra.  If you use different paths or different calculations, such<br>>> E0 shifts might happen, and wouldn't be highly meaningful.<br>
>><br>>> I know that's not a complete answer, but hopefully that and Darius's<br>>> questions will help,<br>>><br>>> --Matt<br>>><br>>> PS on  Q2: 1/ (kR)^2 vs 1 / kR^2<br>
>><br>>> This is probably either a typo, or a different convention based on the<br>>> definition of f(k) as the electron scattering amplitude.   In the Feff<br>>> world, it should be 1/kR^2, but using 1/(kR)^2 would just map f(k) to<br>
>> k*f(k).<br>>> _______________________________________________<br>>> Ifeffit mailing list<br>>> <a href="mailto:Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov">Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</a><br>>> <a href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</a><br>
>><br></div>