<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Dear Scott,<BR>
 <BR>
this is exactly why I was confused about alignment, since I want to see that shift!!<BR>
Thank you so much for your precious help. it is very clear now..<BR>
 <BR>
With best wishes,<BR>
Ornella<BR> <BR>
> From: ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov<BR>> Subject: Ifeffit Digest, Vol 92, Issue 13<BR>> To: ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov<BR>> Date: Thu, 14 Oct 2010 17:54:36 -0500<BR>> <BR>> Send Ifeffit mailing list submissions to<BR>> ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov<BR>> <BR>> To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<BR>> http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit<BR>> or, via email, send a message with subject or body 'help' to<BR>> ifeffit-request@millenia.cars.aps.anl.gov<BR>> <BR>> You can reach the person managing the list at<BR>> ifeffit-owner@millenia.cars.aps.anl.gov<BR>> <BR>> When replying, please edit your Subject line so it is more specific<BR>> than "Re: Contents of Ifeffit digest..."<BR>> <BR>> <BR>> Today's Topics:<BR>> <BR>> 1. Re: calibration/aligment...2 (Scott Calvin)<BR>> 2. Re: MPSE (Joshua Kas)<BR>> <BR>> <BR>> ----------------------------------------------------------------------<BR>> <BR>> Message: 1<BR>> Date: Thu, 14 Oct 2010 11:37:43 -0700<BR>> From: Scott Calvin <dr.scott.calvin@gmail.com><BR>> To: XAFS Analysis using Ifeffit <ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov><BR>> Subject: Re: [Ifeffit] calibration/aligment...2<BR>> Message-ID: <04C38483-D6F6-4F2D-B206-AFFB25B30429@gmail.edu><BR>> Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"; Format="flowed";<BR>> DelSp="yes"<BR>> <BR>> Thanks, Ornella, that clarifies what you're doing.<BR>> <BR>> My recommendation is to look closely at the 6 reference spectra and <BR>> see if there appears to be a systematic energy shift between them. For <BR>> example, each spectrum might be shifted by about 0.3 eV from the <BR>> spectrum before it. Or the first two spectra might appear aligned, but <BR>> then the third through sixth are shifted by 1.5 eV. In either of those <BR>> cases, you should align them. In my second example, I might throw out <BR>> the second spectrum as an additional precaution (if the shift occurred <BR>> "all at once," it might have occurred during the scan before which it <BR>> appears). In either case, it doesn't really matter which scan you <BR>> choose to align to (and calibrate, if you have a way of doing that).<BR>> <BR>> If, on the other hand, the 6 reference spectra appear to basically <BR>> overplot except for random noise, I would not try to align them further.<BR>> <BR>> I would treat the 6 spectra for the electrolysed solution similarly-- <BR>> align them to each other if there is a systematic energy shift.<BR>> <BR>> What you should not do, in my opinion, is to align the electrolysed <BR>> scans to the reference scans. You actually expect there to be a <BR>> chemical shift between the two sets of data, and aligning one to the <BR>> other would remove that!<BR>> <BR>> --Scott Calvin<BR>> Sarah Lawrence College<BR>> <BR>> On Oct 14, 2010, at 11:00 AM, ornella smila castro wrote:<BR>> <BR>> > Hi Matt and Scott,<BR>> ><BR>> > First, thank you so much for replying to my questions.<BR>> > I realised that I should have been a bit more accurate on the type <BR>> > of experiments I am doing.<BR>> > To start with, I am doing electrochemistry combined with EXAFS. I am <BR>> > using an integrated electrolysis/EXAFS cell. Our experiments are as <BR>> > follow: in the case of this experiment in particular, we have a <BR>> > solution of ruthenium-based compound that we flow through a channel <BR>> > through which the beam passes and that we call "reference". we <BR>> > record let's say 6 spectra in a row (we use a flow in order to avoid <BR>> > beam damage on our sample).we didn't do any reference spectra (if <BR>> > you mean running a scan of a Ru foil before starting the actual <BR>> > experiment). then, we make up a new solution but this time we <BR>> > electrolysed the solution (by applying a potential) in order to get <BR>> > the cationic produced species. (the obtained spectra will therefore <BR>> > be a mixture of the neutral and the cationic species). and we record <BR>> > as well a set of 6 spectra.<BR>> > Here is what I did and what I was wondering if it was the right <BR>> > thing to do: I have considered the first spectra of the first set of <BR>> > scans as the reference for calibration/alignment. is it ok?<BR>> > Thus, I am wondering if when I process the second set of data <BR>> > (electrolysed solution), which spectra I should take as a starting <BR>> > point for calibrating/aligning my second series of scans: the one I <BR>> > used for the first serie or the first of the second set of scans?<BR>> ><BR>> > I hope this is clear...<BR>> ><BR>> > Thanks again for your help,<BR>> > Ornella<BR>> <BR>> -------------- next part --------------<BR>> An HTML attachment was scrubbed...<BR>> URL: <http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20101014/347063a7/attachment-0001.htm><BR>> <BR>> ------------------------------<BR>> <BR>> Message: 2<BR>> Date: Thu, 14 Oct 2010 15:54:30 -0700<BR>> From: Joshua Kas <joshua.j.kas@gmail.com><BR>> To: ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov<BR>> Subject: Re: [Ifeffit] MPSE<BR>> Message-ID:<BR>> <AANLkTinMa226iuG5zRGvA4i8kS-6yJ3xiAu1=uJO1ONK@mail.gmail.com><BR>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<BR>> <BR>> Hi Mehmet,<BR>> The documentation in feff9 for MPSE is (obviously) not very good. What you<BR>> will need, to start, is a calculation of the bulk loss function L(E) =<BR>> -Im[1/epsilon(E)] for your material. I can discuss the details with you over<BR>> email if you like.<BR>> Cheers,<BR>> Josh Kas<BR>> <BR>> joshua.j.kas@gmail.com<BR>> <BR>> <BR>> <BR>> > Dear all,<BR>> ><BR>> ><BR>> ><BR>> > i want to run FEFF with the many pole self energy MPSE. In the<BR>> > documentation<BR>> > to FEFF9 is written that I have to use the formula detailed in<BR>> > 'EpsInvFormula.ps' to calculate the optical constants.<BR>> ><BR>> > Where can I get this file?<BR>> ><BR>> ><BR>> ><BR>> > Many thanks<BR>> ><BR>> ><BR>> ><BR>> > Mehmet from University Duisburg-Essen in Germany<BR>> ><BR>> ><BR>> ><BR>> > -------------- next part --------------<BR>> > An HTML attachment was scrubbed...<BR>> > URL: <<BR>> > http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20101013/5f98fa0a/attachment.html<BR>> > ><BR>> ><BR>> > ------------------------------<BR>> ><BR>> > Message: 2<BR>> > Date: Thu, 14 Oct 2010 09:46:13 +0000<BR>> > From: ornella smila castro <sornella@hotmail.com><BR>> > To: <ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov><BR>> > Subject: [Ifeffit] calibration/alignment<BR>> > Message-ID: <SNT118-W28EB06506AEEA22C66F3DECB560@phx.gbl><BR>> > Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<BR>> ><BR>> ><BR>> > Hi everyone,<BR>> ><BR>> > I am trying to do some data processing with Athena but I am already stuck<BR>> > at the first step. The thing is: I read the worked example section of the<BR>> > "Athena's user guide" and on the example on the iron foil, it is mentioned<BR>> > to calibrate the data at the right energy (until here evrything is fine) but<BR>> > then it is said to align the data. Can anyone explain to me what does<BR>> > "alignment" exactly means, and what is the aim of "aligning the data". The<BR>> > data that I have collected were through a channel through which a solution<BR>> > flow (~200 microliters/hr) so I am not convinced that alignment makes sense.<BR>> ><BR>> > Many thanks,<BR>> > Ornel<BR>> > -------------- next part --------------<BR>> > An HTML attachment was scrubbed...<BR>> > URL: <<BR>> > http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20101014/9779e9be/attachment-0001.htm<BR>> > ><BR>> ><BR>> > ------------------------------<BR>> ><BR>> > Message: 3<BR>> > Date: Thu, 14 Oct 2010 07:04:17 -0700<BR>> > From: Scott Calvin <dr.scott.calvin@gmail.com><BR>> > To: XAFS Analysis using Ifeffit <ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov><BR>> > Subject: Re: [Ifeffit] calibration/alignment<BR>> > Message-ID: <9A87D9FF-2ABE-429A-BDC1-D6026F690223@gmail.edu><BR>> > Content-Type: text/plain; charset=US-ASCII; format=flowed; delsp=yes<BR>> ><BR>> > Hi Ornel,<BR>> ><BR>> > Alignment is used to compensate for monochromators that do not<BR>> > maintain stable energy calibration between scans. In conventional<BR>> > measurements, you'll generally have several scans that are supposed to<BR>> > be of the same sample under identical conditions, and those scans may<BR>> > need to be aligned with each other. That is not the case for a time<BR>> > series, which is what I think you are saying you have.<BR>> ><BR>> > So in a time series, how do you compensate for any energy drift of the<BR>> > monochromator? If you are recording a simultaneous reference spectrum,<BR>> > you can align the reference spectra to each other. (Athena<BR>> > automatically will shift the sample spectra by the same amount that<BR>> > the reference spectra are shifted.)<BR>> ><BR>> > If you have a time series but don't have a simultaneous reference<BR>> > spectra, it becomes tougher. If you collected a reference spectrum<BR>> > before and after the time series, you could try to interpolate any<BR>> > shift that's seen, although that's dicey; shifts sometimes occur in<BR>> > jumps. But if there's no shift, you're probably OK!<BR>> ><BR>> > If you have a time series and no reference at all, or a reference only<BR>> > before the series, you're out of luck. You're relying then on the<BR>> > assumption of energy stability, which on some beamlines might be<BR>> > OK...but it is best to confirm that by at least measuring a reference<BR>> > before and after.<BR>> ><BR>> > --Scott Calvin<BR>> > Sarah Lawrence College<BR>> ><BR>> > On Oct 14, 2010, at 2:46 AM, ornella smila castro wrote:<BR>> ><BR>> > > Hi everyone,<BR>> > ><BR>> > > I am trying to do some data processing with Athena but I am already<BR>> > > stuck at the first step. The thing is: I read the worked example<BR>> > > section of the "Athena's user guide" and on the example on the iron<BR>> > > foil, it is mentioned to calibrate the data at the right energy<BR>> > > (until here evrything is fine) but then it is said to align the<BR>> > > data. Can anyone explain to me what does "alignment" exactly means,<BR>> > > and what is the aim of "aligning the data". The data that I have<BR>> > > collected were through a channel through which a solution flow (~200<BR>> > > microliters/hr) so I am not convinced that alignment makes sense.<BR>> > ><BR>> > > Many thanks,<BR>> > > Ornel<BR>> > > <ATT00001..txt><BR>> ><BR>> ><BR>> ><BR>> > ------------------------------<BR>> ><BR>> > Message: 4<BR>> > Date: Thu, 14 Oct 2010 09:39:28 -0500<BR>> > From: Matt Newville <newville@cars.uchicago.edu><BR>> > To: XAFS Analysis using Ifeffit <ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov><BR>> > Subject: Re: [Ifeffit] calibration/alignment<BR>> > Message-ID:<BR>> > <AANLkTi=_61NhHsCR1n9LDyqdDBfJUuKUzw+CJHmLPP5z@mail.gmail.com<61NhHsCR1n9LDyqdDBfJUuKUzw%2BCJHmLPP5z@mail.gmail.com><BR>> > ><BR>> > Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<BR>> ><BR>> > Dear Ornel,<BR>> ><BR>> > Alignment here means to make sure that the energy scale has not<BR>> > drifted between different scans. At many (especially older)<BR>> > facilities, it is not too unusual to have the apparent energy scale<BR>> > drift around a bit over time.<BR>> ><BR>> > Sometimes a reference sample is measured simultaneously specifically<BR>> > for detecting such drifts. Generally one asserts that the recorded<BR>> > energies were offset from one scan to another by a constant amount<BR>> > that happened between one scan and other (ie, not during a scan).<BR>> > This assumption might be justified from a mechanical point-of-view,<BR>> > but is rarely tested in practice.<BR>> ><BR>> > It is easy for the data processing to simply add a constant to all<BR>> > energies of one scan until it looks like the energies align with<BR>> > another scan. For small shifts (a few eV or so), this is probably<BR>> > fine. Consequently, this easy procedure is commonly done even though<BR>> > the underlying assumptions are rarely tested and the procedure is<BR>> > loses accuracy for large shifts.<BR>> ><BR>> > If you don't think you need to do this, then you're probably right.<BR>> > The corollary is that if you do think you need to do this all the<BR>> > time, and that the energy shift is larger than a few eV, then there is<BR>> > probably something wrong, and you should look carefully at whether<BR>> > "shift by a constant energy" is even reasonable.<BR>> ><BR>> > If you're just getting started, I would say to not worry about energy<BR>> > alignment until it becomes an obvious problem.<BR>> ><BR>> > --Matt<BR>> ><BR>> ><BR>> > On Thu, Oct 14, 2010 at 4:46 AM, ornella smila castro<BR>> > <sornella@hotmail.com> wrote:<BR>> > > Hi everyone,<BR>> > ><BR>> > > I am trying to do some data processing with Athena but I am already stuck<BR>> > at<BR>> > > the first step. The thing is:?I read the worked example section of the<BR>> > > "Athena's user guide" and on the example on the iron foil, it is<BR>> > mentioned<BR>> > > to calibrate the data at the right energy (until here evrything is<BR>> > fine)?but<BR>> > > then it is?said to align the data. Can anyone explain to me what does<BR>> > > "alignment" exactly means, and what is the aim of "aligning the data".??<BR>> > The<BR>> > > data that I have collected?were?through a channel through which a<BR>> > solution<BR>> > > flow (~200 microliters/hr)?so I am not convinced that alignment makes<BR>> > > sense.<BR>> > ><BR>> > > Many thanks,<BR>> > > Ornel<BR>> > ><BR>> > > _______________________________________________<BR>> > > Ifeffit mailing list<BR>> > > Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov<BR>> > > http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit<BR>> > ><BR>> > ><BR>> ><BR>> ><BR>> ><BR>> > ------------------------------<BR>> ><BR>> > Message: 5<BR>> > Date: Thu, 14 Oct 2010 08:48:21 -0700<BR>> > From: Scott Calvin <dr.scott.calvin@gmail.com><BR>> > To: XAFS Analysis using Ifeffit <ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov><BR>> > Subject: Re: [Ifeffit] calibration/alignment<BR>> > Message-ID: <D201B821-E95E-4C3E-8F85-14DD3EB9E3C0@gmail.edu><BR>> > Content-Type: text/plain; charset=US-ASCII; format=flowed; delsp=yes<BR>> ><BR>> > On Oct 14, 2010, at 7:39 AM, Matt Newville wrote:<BR>> ><BR>> > > If you're just getting started, I would say to not worry about energy<BR>> > > alignment until it becomes an obvious problem.<BR>> ><BR>> > A cautionary tale (with details made up, since I don't remember them!)<BR>> > from when I was just starting out as to what constitutes an "obvious<BR>> > problem":<BR>> ><BR>> > I collected five transmission EXAFS scans on the same sample. The<BR>> > scans were on top of each other when I looked at the graph, so I<BR>> > merged them...and proceeded to get somewhat screwy fits.<BR>> ><BR>> > The problem? I only looked at the graph across the whole spectra--say,<BR>> > 1500 eV. It turns out there was about a 0.7 eV shift between each scan<BR>> > and the next one, for a total of roughly 3 eV . That was small enough<BR>> > so as to be invisible when looked at on that scale. When I looked at<BR>> > just the XANES, though, the shift did become "obvious." I aligned the<BR>> > spectra and merged them, and suddenly the problems in the fit went away!<BR>> ><BR>> > Since then, I've seen the same thing happen with students to whom I am<BR>> > teaching the technique.<BR>> ><BR>> > On the other hand, there's no magic "blessing" given by the process of<BR>> > alignment. Suppose I have ten scans of very noisy data, and no<BR>> > reference. If I used the auto-align procedure in Athena, it sometimes<BR>> > shifts a scan 0.3 eV one way, sometimes 0.2 eV the other way, with no<BR>> > apparent rhyme or reason. Looking at the graphs, even zoomed in, just<BR>> > shows a bunch of noisy data roughly on top of each other. In that<BR>> > case, there's no reason to believe there are actual shifts between<BR>> > scans, and I would NOT align them prior to merging.<BR>> ><BR>> > Finally, beamline scientists usually have a very good idea whether<BR>> > their line is prone to drifts. Ask them!<BR>> ><BR>> > --Scott Calvin<BR>> > Sarah Lawrence College<BR>> ><BR>> ><BR>> > ------------------------------<BR>> ><BR>> > _______________________________________________<BR>> > Ifeffit mailing list<BR>> > Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov<BR>> > http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit<BR>> ><BR>> ><BR>> > End of Ifeffit Digest, Vol 92, Issue 11<BR>> > ***************************************<BR>> ><BR>> -------------- next part --------------<BR>> An HTML attachment was scrubbed...<BR>> URL: <http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/attachments/20101014/ecaa544f/attachment.htm><BR>> <BR>> ------------------------------<BR>> <BR>> _______________________________________________<BR>> Ifeffit mailing list<BR>> Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov<BR>> http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit<BR>> <BR>> <BR>> End of Ifeffit Digest, Vol 92, Issue 13<BR>> ***************************************<BR>                                         </body>
</html>