<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD><TITLE>Re: [Ifeffit] Artemis FEFF for clusters >500 atoms</TITLE>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1458" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>
<DIV><FONT face=Arial><SPAN class=282513013-30052005><FONT color=#0000ff 
size=2>In the articles by Montejano-Carrizale et al, Nanosctructured Materials, 
v.1, 397 (1992) and v.8, 269 (1997), analytical expressions are published for 
the 1NN coordination numbers in different geometries, including cuboctahedral, 
as a function of the cluster order L. However, to fit the 
entire r-range, one has to know how the 2NN, 3NN and multiple-scattering 
paths depend on the cluster order. Very similar to what Scott described, we 
also calculated these truncation parameters for SS and MS paths, for any 
given cluster order L, but they were not parameterized during the fit since it 
requires to know analytical expression N(L) where N is the truncation parameter 
and L is the cluster order. Instead, we just wrote several programs - 
coordination number generators - for different geometries: cuboctahedral, 
icosahedral, octahedral, truncated octahedral, and for each geometry and for 
each size we obtained the truncation parameters for parsing the x,y,z 
coordinates through another program that we wrote, that calculates the radial 
distribution function relative to the central atom. By EXAFS data analysis 
we obtained the coordination numbers for SS and MS paths 
model-independently and then compared them against several models of different 
sizes (L) and morphologies. Here are some 
references: </FONT></SPAN><SPAN class=282513013-30052005><FONT 
color=#0000ff size=2> <A 
href="http://pubweb.bnl.gov/people/frenkel/PTRU/ptru.pdf">J. Am. Chem. Soc., 
<STRONG>119 </STRONG>, 7760 (1997) </A><A 
href="http://pubweb.bnl.gov/people/frenkel/Nano-Feature/nano-feature.pdf">, </A></FONT></SPAN></FONT><SPAN 
class=282513013-30052005><FONT face=Arial color=#0000ff size=2><FONT 
face="Times New Roman"><FONT face=Arial> <A 
href="http://pubweb.bnl.gov/people/frenkel/JSR/nano.pdf"><FONT 
face="Times New Roman">J. Synchrotron Rad., <STRONG>6 </STRONG>, 293 
(1999). </FONT></A></FONT> J. Phys. Chem. B, <STRONG>105, 
</STRONG>12689-12703 (2001).<FONT 
color=#000000> </FONT> </FONT></FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=282513013-30052005><FONT color=#0000ff 
size=2></FONT></SPAN> </DIV>
<DIV><SPAN class=282513013-30052005><FONT color=#0000ff 
size=2>Anatoly</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=282513013-30052005><FONT size=2></FONT></SPAN> </DIV>
<DIV><SPAN class=282513013-30052005><FONT size=2></FONT></SPAN> </DIV>
<DIV><SPAN class=282513013-30052005><FONT size=2></FONT></SPAN> </DIV>
<BLOCKQUOTE dir=ltr style="MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV class=OutlookMessageHeader dir=ltr align=left><FONT face=Tahoma 
  size=2>-----Original Message-----<BR><B>From:</B> 
  ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov 
  [mailto:ifeffit-bounces@millenia.cars.aps.anl.gov]<B>On Behalf Of 
  </B>scalvin@slc.edu<BR><B>Sent:</B> Monday, May 30, 2005 9:08 AM<BR><B>To:</B> 
  XAFS Analysis using Ifeffit<BR><B>Subject:</B> Re: [Ifeffit] Artemis FEFF for 
  clusters >500 atoms<BR><BR></FONT></DIV><!-- Converted from text/plain format -->
  <P><FONT size=2>Hi Charles,</FONT> </P>
  <P><FONT size=2>We didn't use FEFF to create the really large clusters. 
  Instead, we just</FONT> <BR><FONT size=2>generated a FEFF cluster larger than 
  the largest paths we fit, and then</FONT> <BR><FONT size=2>used constraints to 
  deal with all the termination effects. For the</FONT> <BR><FONT 
  size=2>detailed modeling of cuboctahedra (it's been a while--that was 
  the</FONT> <BR><FONT size=2>expected morphology, right?), we reduced the 
  amplitude of each path by the</FONT> <BR><FONT size=2>weighted average of the 
  reduction in coordination number relative to the</FONT> <BR><FONT size=2>bulk 
  for the given morphology and size. A very clever high school student</FONT> 
  <BR><FONT size=2>I was working with (C. J. Riedel) automated the process of 
  generating</FONT> <BR><FONT size=2>these constraints.</FONT> </P>
  <P><FONT size=2>This approach is marginally less accurate than letting FEFF 
  figure out an</FONT> <BR><FONT size=2>entire cluster, but doesn't require 
  nearly as much computer power, and</FONT> <BR><FONT size=2>should be pretty 
  darn close for large clusters.</FONT> </P>
  <P><FONT size=2>--Scott Calvin</FONT> <BR><FONT size=2>Sarah Lawrence 
  College</FONT> </P>
  <P><FONT size=2>> Hi Scott,</FONT> <BR><FONT size=2>> Thanks for your 
  suggestion.  I find that I need to generate FEFF files for</FONT> 
  <BR><FONT size=2>> larger clusters than I had initially started off with. 
  In your recent</FONT> <BR><FONT size=2>> Physica Scripta paper [T115 (2005) 
  744-748], you had looked at some pretty</FONT> <BR><FONT size=2>> large Pd 
  clusters, particles 0.1 to 200nm in diam. (page 745, col 2, para</FONT> 
  <BR><FONT size=2>> 2, lines 5-6).  Some of these clusters are well 
  over 500 atoms. How did</FONT> <BR><FONT size=2>> you</FONT> <BR><FONT 
  size=2>> manage to create the FEFF?  When I try to do so for a cluster 
  this large</FONT> <BR><FONT size=2>> in</FONT> <BR><FONT size=2>> 
  Artemis, the program flags an error saying that I have too many atoms 
  (in</FONT> <BR><FONT size=2>> my *.inp file generated from TkAtoms).</FONT> 
  <BR><FONT size=2>> Charles</FONT> <BR><FONT size=2>></FONT> <BR><FONT 
  size=2>_______________________________________________</FONT> <BR><FONT 
  size=2>Ifeffit mailing list</FONT> <BR><FONT 
  size=2>Ifeffit@millenia.cars.aps.anl.gov</FONT> <BR><FONT size=2><A 
  href="http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit">http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit</A></FONT> 
  </P></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>